Светилището е посветено на фигурата на Света Маргарита, покровителка на Кортона и францисканската Троица, както и на последвалата културна и духовна дейност на наблюдаващите францисканци. След смъртта на светицата (22 февруари 1297) било решено да се построи църква в нейна чест, заедно с древната църква "Свети Василий", която самата Маргарита възстановила, след като я избрала за място на покаяние и молитва. През 1304 г.свещената сграда вече е построена, но продължава да бъде украсена с важни стенописи през триста. От този цикъл стенописи до нас са достигнали само няколко фрагменти, запазени в епархиальном музей, но запазено свидетелство за това в Кодекса на XVII век, който документира с 21 акварельными сцени стенописи, изгубени в 1653 г., когато поради лошото си състояние на запазване те са били унищожени. Анализът на оцелелите фрагменти насърчава датирането им около 1335 г.и приписването им на работилницата на единия или на двамата братя Лоренцети. През 1385 г.църквата е предадена на оливетанските монаси, заменени през 1389 г. от непълнолетни наблюдатели, които все още се грижат за нея и приветстват посетителите. През август 1927 г.е издигнат в Сан минор.
