Святилище присвячене фігурі Святої Маргарити, покровительки Кортони і францисканської Трійці, а також подальшої культурної і духовної діяльності спостерігають францисканців. Після смерті Святої (22 лютого 1297) було вирішено побудувати церкву в її честь, поряд з древньої церкви Святого Василя, яку сама Маргарита відновила після вибору її в якості місця покаяння і молитви. У 1304 році священна будівля була вже побудована, але його продовжували прикрашати важливі фрески протягом усього триста. З цього циклу розпису до нас дійшли лише кілька фрагментів, що збереглися в єпархіальному музеї, але збереглося свідчення про це в Кодексі XVII століття, який документує з 21 акварельними сценами розпису, втрачені в 1653 році, коли через їх поганий стан збереження вони були зруйновані. Аналіз збережених фрагментів спонукає датувати їх близько 1335 року і приписувати їх майстерні одного або обох братів Лоренцетті. У 1385 році церква була передана оліветанським ченцям, заміненим в 1389 році неповнолітніми спостерігачами, які до цих пір піклуються про неї і вітають відвідувачів. У серпні 1927 року возведений у Сан Мінора.
