Церква стоїть на вершині пагорба в чарівному місці. На місці нинішньої церкви існувала невелика церква, побудована камальдольськими ченцями в XI столітті і присвячена Святому Василю. Церква була пошкоджена під час мішка Кортона 1258 і відновлена в 1288 році Святий Маргеріта була присвячена, а також святого Василя, Святого Егідія Монако і святої Катерини Олександрійської. Свята Маргарита, в задній кімнаті цієї церкви прожила останні роки свого життя і померла там в 1297 році. Вона була похована в церкві Святого Василя. Незабаром після смерті Маргеріта кортонци, поруч з церквою, побудували велику церкву за проектом Джованні Пізано і в 1330 переїхав тіло св.з будівлі XIV століття залишаються тільки розетка на фасаді, дзвіниця і зовнішні стіни хору. Протягом трьохсот годин церква продовжувала прикрашатися важливими фресками. З цього циклу розпису до нас дійшли лише кілька фрагментів, що збереглися в єпархіальному музеї, але збереглося свідчення про це в Кодексі XVII століття, який документує з 21 акварельними сценами розпису, втрачені в 1653 році, коли через їх поганий стан збереження вони були зруйновані. Аналіз збережених фрагментів спонукає датувати їх близько 1335 року і приписувати їх майстерні одного або обох братів Лоренцетті. У 1385 році церква була передана оліветанським ченцям, заміненим в 1389 році неповнолітніми спостерігачами, які до цих пір піклуються про неї і вітають відвідувачів. Церква мала послідовні перетворення в сучасну епоху, з яких залишаються вівтарі століття, але найважливішим перетворенням, але повністю зникло, було те, що було побажано в середині 700-х років Іоанном V, королем Португалії, який отримав благодать від св. Нинішня церква є результатом реконструкції дев'ятнадцятого століття, покладеної спочатку на архітектора Енріко Presenti, який замінив початкову установку з одним нефом з базилікою, а потім архітектор Маріано Фалькіні, який закінчив священну будівлю, не догодивши кортонцам. Тому в 1896 році архітектору Джузеппе Кастеллуччі було доручено переробити фасад, який несе в собі розетку XIV століття стародавньої церкви. У серпні 1927 року возведений у Сан Мінора. У каплиці лівого трансепта знаходиться мармуровий Могильний пам'ятник Святої Маргарити XIV століття; шановані останки покояться в срібній урні (1646) біля головного вівтаря.
