Музей був побудований у 1933-1939 роках для розміщення двох гігантських кораблів, що належали імператору Калігулі (37-41 рр. н.е.), які були знайдені у водах озера між 1929 і 1931 роками. Таким чином, це був перший музей в Італії, для якого було побудовано два корпуси розміром 71,30 х 20 м та 73 х 24 м відповідно, які, на жаль, були зруйновані під час пожежі у 1944 році. Відкритий у 1953 році, музей був знову закритий у 1962 році і знову відкритий у 1988 році.
У новому плануванні ліве крило присвячено кораблям, з яких експонуються деякі матеріали, зокрема, реконструкція даху з бронзовою черепицею, два якоря, обшивка носового колеса, деяке оригінальне або реконструйоване бортове обладнання (норія, поршневий насос, блок, платформа на шарикопідшипниках). Також експонуються два макети кораблів у масштабі 1:5 та натурна реконструкція кормового апостиля першого корабля, на якому розміщені бронзові копії ящиків з протомами ховрахів.
Праве крило, з іншого боку, присвячене населенню албанської території в республіканську та імперську епоху, з особливим акцентом на культових спорудах; тут експонуються вотивні матеріали з Веллетрі (С. Клементе), Камповерде (Латина), Дженцано (стипе Пантаначчі) і святилища Діани в Немі, а також матеріали з колекції Русполі. Усередині цього крила також можна помилуватися музеєфікованим фрагментом римської бруківки clivus Virbii, яка вела з Аріччії до святилища Діани.
