У церкви была бурная история. В 512 году нашей эры Сен-Жермен, который позже стал епископом Парижа, убедил короля Меровингов Хильдеберта построить аббатство с церковью. Церковь, в которой хранились важные реликвии, была посвящена Святому Винсенту и святому кресту. Это была одна из самых важных церквей во Франции и место последнего упокоения королей династии Меровингов. Его крыша была выкрашена в золотой цвет, что привело к названию "Сен-Жермен-ле-Доре" (позолоченный Сен-Жермен). В девятом веке церковь несколько раз подвергалась разграблению викингами и в конечном счете была уничтожена пожаром. Примерно в 1000 году началась реконструкция церкви, и в конце концов она была освящена в 1163 году. В период позднего Средневековья в комплексе бенедиктинского аббатства был возведен ряд дополнительных зданий, которые превратились в одно из самых больших и важных во всей Франции.
Во время Французской революции религиозные ордена были подавлены, и аббатство использовалось как склад. Сильный взрыв пороха, хранившегося в трапезной, уничтожил почти весь комплекс и серьезно повредил церковь.
Церковь сегодня Нынешний облик церкви - результат реконструкции в девятнадцатом веке, когда архитектора Виктора Балтара и художника Жана-Ипполита Фландрена попросили восстановить церковь в ее прежнем великолепии.
Внешний вид церкви определяется ее прочной колокольней, одной из старейших во всей Франции. Еще две башни, построенные по обе стороны трансепта, не пережили эпоху революции. Интерьер демонстрирует смесь различных архитектурных стилей, результат продолжающегося строительства на протяжении веков. Оригинальные колонны шестого века поддерживают хор двенадцатого века; романские арки сочетаются с готическими сводами, и есть даже элементы барокко. В часовнях церкви есть несколько интересных гробниц, в том числе гробницы философа Рене Декарта и Иоанна II Казимира Васы, который был королем Польши в семнадцатом веке, пока не стал настоятелем аббатства Сен-Жермен-де-Пре.
Квартал Сен-Жермен-де-Пре Церковь дала свое название кварталу Сен-Жермен-де-Пре, оживленному району в шестом округе, который приобрел свою репутацию литературного района в двадцатом веке, когда писатели, интеллектуалы и философы встречались в одном из его многочисленных кафе. Философ Жан-Поль Сартр и Симона де Бовуар часто встречались в "Кафе Флор", а Эрнест Хемингуэй был частым гостем в "Les Deux Magots".
