У царкве была бурная гісторыя. У 512 годзе нашай эры Сен-Жэрмен, які пазней стаў біскупам Парыжа, пераканаў караля Меравінгаў Хільдэберта пабудаваць абацтва з царквой. Царква, у якой захоўваліся важныя рэліквіі, была прысвечана Святому Вінцэнту і святому крыжу. Гэта была адна з самых важных цэркваў у Францыі і месца апошняга спачынку каралёў дынастыі Меравінгаў. Яго дах была пафарбаваная ў залаты колер, што прывяло да назвы "Сэн-Жэрмэн-ле-Доры" (пазалочаны Сен-Жэрмен). У дзевятым стагоддзі царква некалькі разоў падвяргалася разрабаванню вікінгамі і ў канчатковым рахунку была знішчана пажарам. Прыкладна ў 1000 годзе пачалася рэканструкцыя царквы, і ў рэшце рэшт яна была асвечана ў 1163 годзе. У перыяд позняга сярэднявечча ў комплексе бенедыктынскага абацтва быў узведзены шэраг дадатковых будынкаў, якія ператварыліся ў адно з самых вялікіх і важных ва ўсёй Францыі.
Падчас Французскай рэвалюцыі рэлігійныя Ордэны былі падушаныя, і абацтва выкарыстоўвалася як склад. Моцны выбух пораху, які захоўваўся ў трапезнай, знішчыў амаль увесь комплекс і сур'ёзна пашкодзіў царкву.
Царква сёння Цяперашняе аблічча царквы-вынік рэканструкцыі ў дзевятнаццатым стагоддзі, калі архітэктара Віктара Балтара і мастака Жана-Іпаліта Фландрэна папрасілі аднавіць царкву ў яе ранейшым пышнасці.
Знешні выгляд царквы вызначаецца яе трывалай званіцай, адной з найстарэйшых ва ўсёй Францыі. Яшчэ дзве вежы, пабудаваныя па абодва бакі трансепта, не перажылі эпоху рэвалюцыі. Інтэр'ер дэманструе сумесь розных архітэктурных стыляў, вынік працягваецца будаўніцтва на працягу стагоддзяў. Арыгінальныя калоны шостага стагоддзя падтрымліваюць хор дванаццатага стагоддзя; раманскія аркі спалучаюцца з гатычнымі скляпеннямі, і ёсць нават элементы барока. У капліцах царквы ёсць некалькі цікавых магільняў, у тым ліку грабніцы філосафа Рэнэ Дэкарта і Іаана II Казіміра Васы, які быў каралём Польшчы ў сямнаццатым стагоддзі, пакуль не стаў настаяцелем абацтва Сен-Жэрмен-дэ-Прэ.
Квартал Сэн-Жэрмэн-дэ-Прэ Царква дала сваю назву кварталу Сен-Жэрмен-дэ-Прэ, ажыўленым раёне ў шостым акрузе, які набыў сваю рэпутацыю літаратурнага раёна ў дваццатым стагоддзі, калі пісьменнікі, інтэлектуалы і філосафы сустракаліся ў адным з яго шматлікіх кафэ. Філосаф Жан-Поль Сартр і Сымона дэ Бавуар часта сустракаліся ў "кафэ Флор", а Эрнэст Хэмінгуэй быў частым госцем у"Les Deux Magots".
