הכנסייה העליונהבמהלך מאה המגיפה, בדיוק בשנת 1605, קבוצת אצילים נתנה חיים לאופרה פיה, קהילת הדיוטות שמטרותיה העיקריות היו טיפול בנשמות בטהרה. כך קמה, בהתבסס על פרויקט של ג'ובן קולה די פרנקו, הכנסייה נוצרה מלכתחילה בשני מישורים: הכנסייה העליונה, יצירת מופת אמיתית של אמנות הבארוק הנפוליטנית, והכנסייה התחתונה או ההיפוגאום שהיא, עד היום, מקום מושבו של פולחן נשמות פזנטל.הכנסייה העליונה קטנה ומעוטרת בפאר בשיש פוליכרום ובציורים.העיטור היקר של בית הכנסת בוועדות שיש הוא פרי עבודתו של דיוניסו לאזארי. על המזבח הראשי יש את הבד של מאסימו סטנציונה המתאר את "המדונה עם נשמות הצהרה" ומעל "סנט'אנה מציעה את הילד הבתול לאב הנצחי", מאת ג'אקומו פארלי. עם זאת, העיטור על הקיר האחורי שמאחורי המזבח מדהים, הכולל גולגולת מכונפת, יצירת מופת של לזרי, שאינה נראית כיום למי שיושב בספינה מכיוון שהמזבח שנבנה במאה השמונה עשרה כיסה אותו.ההיפוגאוםאבל מתחת לכנסייה הראשית יש עוד אפלולית לגמרי לזו העליונה. זהו ההיפוגאום שנמצא בהתנגדות מוחלטת לתאום שלו כי הוא חשוף, חשוך וחסר עיטור. זה תוכנן לייצג ירידה מעוררת חושים לתוך המצרף ולכן מקום מעבר לפני התהילה האלוהית. זה המקום שבו יצרו המאמינים מערכת יחסים מיוחדת עם שרידי התמותה, ויצרו כת הגובלת בפגאנית ואמונות טפלות.הכתפולחן נשמות פזנטל (מ-petere, לטינית "לבקש") היה חזק מאוד. זה כלל אימוץ גולגולת או לקיחת גולגולת מאחד מהמתים הרבים הקבורים כאן, ניקויה, הנחתה במזבח קטן והתפללה עבורה כדי להקל על המעבר מצהרף לישועה. על החיים היה לעזור לעלות ולהבטיח התרעננות מלהבות השאול באמצעות תפילות, מיסות ומנחות.כשהנשמה ניצלה כעת, הוא היה עוזר לאלה שבתפילותיהם הצילו אותה על ידי קבלת בקשותיהם. אלו היו בקשות קטנות כמו בעיות הקשורות לחיי היומיום, על הדברים החשובים, למעשה, היו הקדושים. בכל מקרה נוצרה מערכת יחסים קרובה ובלתי ניתנת למסירה בין הנשמה לאלו שנותרו לסבול עלי אדמות. החיים דאגו לגולגולת כמו קמע קדוש, בנו מזבחות שהיו בתים אמיתיים, עשויים מקרטון או עץ, קישטו אותם בתמונות קודש, מחרוזות, אפילו תכשיטים או חפצים יקרי ערך וחפצים יומיומיים. לעתים קרובות הבתים הללו נבנו עם אריחי מטבח כדי לגרום לנפטר להרגיש בבית.סוף הכתכת זו, לא רשמית ולפיכך מעולם לא הוכרה, אושרה על ידי הכנסייה מכיוון שהיא אפשרה איסוף תרומות ותרומות, אך ב-1969 היא נאסרה לבסוף כי היא נחשבה פגאנית. ערבוב כה עמוק של חיים ומוות יכול היה להעלות על הדעת במאה השבע-עשרה, כאשר למעשה זה היה נורמלי, אבל לא בעידן המודרני. למרות זאת, סגירת ההיפוגאום גרמה לסצנות פאניקה של ממש עם אנשים שהכריחו את הכניסה ולמעשה הכת נמשכה. רק רעידת האדמה של 1980 הפסיקה את התרגול שהפך את ההיפוגאום לבלתי שמיש במשך זמן רב. גם הכת אבדה בהדרגה וגניבות רבות התרחשו מכיוון שהקברים היו מלאים בזהב ותכשיטים.הכנסייה וההיפוגאום ייפתחו מחדש רק בשנת 1992 על ידי המפקח על מורשת אמנותית והיסטורית של נאפולי ועדיין ניתן לבקר בהם ולפתוח לקהל כיום. בנוסף לכנסייה ולהיפוגאום, ניתן לבקר גם במוזיאון הקטן של האופרה, המשמר חפצים כנסייתיים מתקופות שונות.