סן פרנצ'סקו דל דזרטו הוא אי קטן ושליו בלגונה של ונציה, הממוקם בין האי בוראנו והאי סנט'אראסמו.
האי של סן פרנצ'סקו הוא ביתו של מנזר פרנציסקני (הנזירים הקטנים) שנוסד בשנת 1230. הוא מוקף בגדות חול והוא עטוף סביב היקפו ברושים ואורן.
בעבר האי סן פרנצ'סקו דל דסרטו, נקרא Isola delle Due Vigne והיה בבעלותו של האציל הוונציאני Jacopo Michiel.
מספרים שבשנת 1220 שהה שם סן פרנצ'סקו ד'אסיסי בנסיגה לזמן קצר, וחזר מהמזרח וממסע הצלב החמישי (לא בשביל לחימה, אלא כדי לפגוש בשלווה את מאלכ-אל-קאמל, סולטן מצרים).
באותו זמן, על האי כבר הייתה כנסייה ביזנטית קטנה שבה עצר פרנציסקוס הקדוש להרהר ולהתפלל עם הנזיר אילומינאטו דה רייטי, שותפו למסע.
בשנת 1233 תרם Jacopo Michiel את האי למסדר הפרנציסקני וברגע זה שונה שמו של "Isola delle Due Vigne" ל"Isola di San Francesco".
בגלל מחלות ומגפות כמו מלריה, שהתפשטו באזורי הביצות הללו, בשנת 400 האי ננטש לתקופה קצרה: בהזדמנות זו הוחל על האי שלו הסיומת "del Deserto" (של המדבר). שם, לשנות את שמו באי סן פרנצ'סקו דל דסרטו.
משנת 400 ואילך סן פרנצ'סקו דל דזרטו תמיד נוהלה על ידי מסדר הפרנציסקנים, למעט תחילת המאה התשע-עשרה (1808) כאשר חיילי נפוליאון הפכו את האי למחסן ולקופסה.
בשנת 1858, באמצעות עבודתו של פדר ברנרדינו דה פורגרוארו, האי ניתן לדיוקסיה של ונציה, מה שאפשר לנזירים להקים מחדש את המנזר, הפעיל גם היום.
האי נגיש רק באמצעות תחבורה פרטית או מונית ותוכלו לבקר בו ולהישאר בו מספר ימים בנסיגה לאחר קבלת הסכמה עם הנזירים המתגוררים בו.
