קתדרלת סנט מרטין באייזנשטאדט הוזכרה לראשונה בשנת 1264. מקפלה זו עדיין נותרו שרידים של קרן רומנסקית באזור המקהלה הנוכחית. במאה ה -13 הורחבה הקפלה על ידי הוספת מקהלה גותית מוקדמת. במאה ה -14 נוספה קפלה לאנשים הדיוטים. בשנת 1460 נבנתה הכנסייה מחדש תחת קפטן העיר יוהאן סיבנהירטר ככנסייה מבוצרת או הגנתית, שכן התקפה של הטורקים הייתה צפויה לאחר נפילת קונסטנטינופול בשנת 1453. הבניין הגותי הסתיים בשנת 1522. לאחר השריפה הגדולה של 1589 חלפו כמעט 30 שנה לפני שהתרחשה בניית הכנסייה שנפגעה קשה, בין השנים 1610-1629.
בשנת 1777 נוספה מזבח גדול מאת סטפן דורפמייסטר, המתאר את 'השינוי של סנט מרטין'. בשנה שלאחר מכן בונה העוגבים הווינאי מאלק התקין עוגב להנחיותיו של ג ' וזף היידן.
לאחר הקמתה של ביוסמת אייזנשטאדט, כנסיית סנט מרטין הועלתה לדרגת קתדרלה בשנת 1960. סנט מרטין הפך לקדוש הפטרון של הבישופות והארץ. תחת הבישוף סטפן לרשל בשנת 1960 חודשו הפנים והחלונות.
הקתדרלה מפורסמת במוסיקת הכנסייה שלה. קונצרטים של פסטיבל היידן השנתי מתקיימים גם כאן. בשנת 2002/2003 הקתדרלה שופצה שוב, הפנים שופץ. הריהוט המודרני תוכנן על ידי האמנית בריז ' יט קובנץ.
