كان للكنيسة تاريخ صاخب. في عام 512 بعد الميلاد ، أقنع سان جيرمان ، الذي أصبح فيما بعد أسقف باريس ، الملك الميروفنجي تشيلدبرت ببناء دير به كنيسة. الكنيسة ، التي كانت تحمل آثارا مهمة ، كانت مخصصة لسانت فنسنت والصليب المقدس. كانت واحدة من أهم الكنائس في فرنسا ، ومكان الراحة الأخير لملوك الميروفنجيين. كان سقفه مطلية بالذهب ، مما أدى إلى اسم ' سان جيرمان لو دور' (مذهب سان جيرمان). في القرن التاسع ، تم نهب الكنيسة عدة مرات من قبل الفايكنج ودمرتها النيران في النهاية. حوالي عام 1000 بدأت إعادة بناء الكنيسة ، وتم تكريسها في النهاية في عام 1163. خلال أواخر العصور الوسطى ، تم تشييد عدد من المباني الإضافية في مجمع دير البينديكتين ، والذي نما ليصبح واحدا من أكبر وأهم المباني في كل فرنسا.
خلال الثورة الفرنسية تم قمع الأوامر الدينية واستخدم الدير كمستودع. دمر انفجار كبير من البارود الذي تم تخزينه في قاعة الطعام كل المجمع تقريبا ، وألحق أضرارا بالغة بالكنيسة.
الكنيسة اليوم المظهر الحالي للكنيسة هو نتيجة تجديد في القرن التاسع عشر ، عندما طلب من المهندس المعماري فيكتور بالتارد والرسام جان هيبوليت فلاندرين إعادة الكنيسة إلى روعتها السابقة.
يتم تعريف الجزء الخارجي من الكنيسة من خلال برج الجرس القوي ، وهو واحد من الأقدم في كل فرنسا. لم ينج برجان آخران مبنيان على جانبي الجناح من عصر الثورة. يظهر التصميم الداخلي مزيجا من الأساليب المعمارية المختلفة ، نتيجة استمرار البناء على مر القرون. تدعم أعمدة القرن السادس الأصلية جوقة القرن الثاني عشر ؛ يتم الجمع بين الأقواس الرومانية والقبو القوطي ، وهناك عناصر باروكية. هناك العديد من المقابر المثيرة للاهتمام في مصليات الكنيسة ، بما في ذلك مقابر الفيلسوف رين ديكارت ويوحنا الثاني كازيمير فاسا ، الذي كان ملك بولندا في القرن السابع عشر حتى أصبح رئيس دير سان جيرمان دي بي آر إس.
حي سان جيرمان دي بي آر أعطت الكنيسة اسمها لربع سان جيرمان دي بي آر إس ، وهي منطقة حيوية في الحي السادس اكتسبت سمعتها كمنطقة أدبية في القرن العشرين عندما التقى الكتاب والمثقفون والفلاسفة في أحد مقاهيها العديدة. غالبا ما التقى الفيلسوف جان بول سارتر وسيمون دي بوفوار في 'مقهى de دي فلور' وكان إرنست همنغواي ضيفا متكررا في'ليه دو ماغوتس'.
