تقف الكنيسة في أعلى التل في موقع جميل. في موقع الكنيسة الحالية كانت هناك كنيسة صغيرة بناها الرهبان الكمالدوليون في القرن الحادي عشر ومخصصة للقديس باسيل. تضررت الكنيسة خلال كيس كورتونا عام 1258 وأعيد بناؤها في عام 1288 من قبل سانتا مارغريتا كانت مخصصة للقديس باسيل وسانت إيجيديو موناكو وسانت كاترين الإسكندرية. القديسة مارغريت ، في غرفة في الجزء الخلفي من هذه الكنيسة الصغيرة عاشت السنوات الأخيرة من حياتها وتوفيت هناك في عام 1297. دفنت في كنيسة القديس باسيل. مباشرة بعد وفاة مارغريتا قام كورتونيزي ، بجانب الكنيسة ، ببناء كنيسة أكبر لتصميم جيوفاني بيسانو وفي عام 1330 نقل جسد القديس. لم يبق من مبنى القرن الرابع عشر سوى نافذة الورد في الواجهة وبرج الجرس والجدران الخارجية للجوقة. طوال القرن الرابع عشر ، استمرت الكنيسة في الزخرفة بلوحات جدارية مهمة. من هذه الدورة الجدارية لم يأت إلينا سوى عدد قليل من الأجزاء المحفوظة في متحف الأبرشية ، ولكن يتم الحفاظ على أدلة عليها في رمز من القرن السابع عشر يوثق مع واحد وعشرين مشاهد ملونة بالألوان المائية اللوحات الجدارية المفقودة في عام 1653 عندما ، بسبب حالتها السيئة من الحفظ ، تم غسلها بعيدا. يؤدي تحليل الأجزاء الباقية إلى تأريخها حوالي عام 1335 ونسبها إلى ورشة عمل أحد أو كلا الأخوين لورينزيتي. في عام 1385 ، تم تكليف الكنيسة بالرهبان الزيتونيين ، وحلت محلها في عام 1389 من قبل القصر الملتزمين الذين ما زالوا يعتنون بها ويرحبون بالزوار. كان للكنيسة تحولات متتالية في العصر الحديث ، والتي لا تزال مذابح القرن السابع عشر ، ولكن أهم تحول ، لكنه اختفى تماما ، كان هو المطلوب في منتصف عام 700 من قبل جون الخامس ، ملك البرتغال ، الذي حصل على نعمة من القديس. الكنيسة الحالية هي بدلا من ذلك نتيجة لإعادة الإعمار في القرن التاسع عشر ، التي عهد بها أولا إلى المهندس المعماري إنريكو بريسنتي ، الذي حل محل الصحن الفردي الأصلي بهيكل بازيليكا ، ثم إلى المهندس المعماري ماريانو فالسيني ، الذي أنهى المبنى المقدس دون إرضاء كورتوني. لذلك ، في عام 1896 ، تم تكليف المهندس المعماري جوزيبي كاستيلوتشي بإعادة تصميم الواجهة ، التي تحمل في العين نافذة الورود في القرن الرابع عشر للكنيسة القديمة المهدمة. في أغسطس 1927 تم رفعه إلى كرامة البازيليكا الصغرى. يوجد في كنيسة transept اليسرى نصب sepulchral الرخامي من القرن الرابع عشر في santa Margherita ؛ تبقى البقايا المبجلة في الجرة الفضية (1646) عند المذبح العالي.