A Igreja da caverna dedicada à Virgem delle Virtù foi construída em torno do ano Mil, juntamente com o Mosteiro anexado, que foi para hospedar o primeiro assentamento das Freiras de Accon. É um exemplo de arquitetura "em negativo" tendo sido inteiramente obtido cavando dentro da rocha calcária. A igreja tem um plano com três naves separadas por colunas, na parte inferior de cada uma delas abre uma abside em cuja abóbada está gravada uma cruz. O tecto é decorado com arcos de baixo relevo. A abside da nave central é embelezada por um complexo de pintura do século XVIII de considerável valor artístico que retrata a crucificação com Madonna e São João. A principal modificação estrutural da igreja remonta a 1934 devido à construção da rede de estradas Sassi, que resultou na remodelação de uma nave lateral. É uma das mais antigas criptas da cidade de Matera. Ao longo da sua história, sofreu alterações substanciais que dificultam a compreensão dos elementos arquitectónicos originais. A cripta consiste de dois corredores, com três absides, mas o elemento que a caracteriza, é o complexo quadro que decora as paredes: a abóbada da abside tem um afresco feito no século Xiv, representando a Crucificação, com um de cada lado da virgem e de São João Batista; na nave esquerda, em vez disso, um tríptico de Santos, realizado entre o XIII e o século XIV. Atualmente, tanto a Igreja de Nossa Senhora das virtudes como a Cripta de São Nicolau dos gregos são usados como espaços de exposição para prestigiosas exposições de Arte Contemporânea.
