A grandiózus Misztériumok Villája talán a legismertebb épület az ásatások közül, amely mintegy hatvan szobából áll, és egy Pompejitől mintegy 800 méterre északnyugatra található külvárosi római lakóház romja. Nevét a lakás egyik szobájának freskóiról kapta, amelyek a legtöbb tudós szerint a menyasszonyok dionüszoszi örömökbe való beavatását ábrázolják.Az 1909-1910-ben részben feltárt épületegyüttes a villa d'otium és a villa rustica keverékének csodálatra méltó példája, amely valószínűleg az Istacidii családhoz tartozott, amely az augusztusi Pompeji legjelentősebbjei közé tartozott. A legfrissebb tanulmányok szerint az építészeti alaprajz a Kr. e. 1. századra nyúlik vissza, és az ezt követő átalakítások egészen a kitörés idejéig (Kr. u. 79) tartanak.A villa mai alaprajza a Kr. u. 62-ben bekövetkezett földrengést követő beavatkozásoknak köszönhető, amikor is megkezdődött az épület átalakítása lakóvillából mezőgazdasági és termelési komplexummá. A Kr. u. 79-ben bekövetkezett kitörés idején az utolsó tulajdonos már dolgozott az épület átalakításán.A fényűző lakónegyed a nyugati oldalon helyezkedett el, a tengerre nézett, és egy feltűnő perspektivikus tengelyen állt, amely egymás után egy átriumból, egy tablinumból és egy nappaliból állt, amelyet a végén egy panorámás ablakos félköríves exedra zárt le.Az exedrával ellátott nappaliból egy oldalsó átjárón keresztül lehet belépni a misztériumok csarnokába. A villa nevét a tricliniumot díszítő freskóknak köszönheti.A misztériumok csarnokát egy rendkívüli, a tudósok által sokat vitatott képciklus koronázza meg, amely a terem középső sávját foglalja el, a pódiumként szolgáló, műmárvánnyal díszített talapzat felett. A jelenetet a hátsó fal közepén látható isteni pár uralja, akikben Dionüszosz és Aphrodité (vagy Ariadné) azonosítható.A narratív feszültség tetőpontját a rituális jelenet éri el, amelyben egy térdelő nő feltárja falloszát, miközben egy szárnyas alak rituális flagellációra készül.
