A San Magnói kriptát Pietro da Salerno püspök építette a székesegyházzal egy időben 1072 és 1104 között. Kincsesládaként kellett szolgálnia annak megőrzéséhez, hogy a katedrális a legszentebb: a szentek emlékei. A szobának három folyosója van a felső templomhoz és három apszishoz képest. A tizenkét oszlop huszonegyszer azonosítja azt, hogy a saját falukkal egy kivételes szépségű képi ciklus díszíti, amely az ember megmentésének történetét meséli el, az ő teremtésétől az idő végéig. A freskók az Anagni első mestere vagy a fordítások mestere, az Anagni második mestere vagy az Ornatista mester, az Anagni harmadik mestere. Stilisztikai és történelmi okokból a kripta freskói a XII. század vége és a XIII. század első fele között helyezkednek el.