La actividad internacional de la Academia ha permitido restaurar y conservar instrumentos de gran valor, entre ellos un órgano de Luigi Benedetto Tronci de 1793, que se conserva en la catedral, y especialmente un instrumento de Willem Hermans de 1664, que se encuentra en la iglesia del Espíritu Santo. En este último, hay dos órganos, uno opuesto al otro. La segunda es de 2007, añadida especialmente para los conciertos de doble órgano, que definitivamente no son comunes. La Academia también posee varios instrumentos antiguos de música barroca, así como una espineta de 1731 en perfecto estado de funcionamiento, utilizada por Don Ludovico Giustini, un músico de Pistoia que en 1732 fue el primero en publicar sonatas para el piano recién nacido. Todos los instrumentos se pueden ver a petición y pueden ser tocados libremente por cualquier músico competente, independientemente de su nivel técnico. La Academia también organiza fines de semana de música barroca y, por supuesto, conciertos de órgano.
