Amalfi eredetére kevés bizonyíték van, de egy "Descendit ex patribus romanorum" felirat megerősíti, hogy a rómaiak alapították. A legenda szerint Amalfi egy leány volt, akit Herkules szeretett, majd az istenek akaratából itt temették el.A rómaiak valószínűleg a germán és lombard inváziók miatt kerestek itt menedéket, és a várost a Nápolyi Bizánci Hercegség védelmi erődítményének használták. Az amalfitánusok tengerészeti szakértőinek ügyességének köszönhetően a bizánciak békés és együttműködő kapcsolatot tartottak fenn az amalfitánusokkal.A 9. századtól Amalfi egyike lett Itália négy tengeri köztársaságának, és a félsziget tengeri forgalmának feletti elsőségért versengett a rivális Velencével, Genovával és Pisával.Amalfi városának tulajdonítják az iránytű feltalálását, amelyet Flavio Gioiának tulajdonítanak, aki a 13. században a hajósok számára tájékozódási eszközként vezette be. A legújabb rekonstrukciók szerint azonban nem Flavio, hanem Giovanni Gioia volt az, aki feltalálta és elősegítette későbbi elterjedését a Földközi-tengeren.Amalfi tengerészeinek különleges képességei hozzájárultak ahhoz, hogy a szomszédos népekkel békés kapcsolatokat alakítsanak ki, főként kereskedelmi téren. 596-tól Amalfi püspöki székhely lett, 839-ben pedig autonómiát kapott Nápolytól, de továbbra is a salernói hercegek áhított prédája maradt, aminek bölcsen ellen tudott állni, mindenekelőtt azért, mert virágzó és fejlett volt.Amint elnyerte függetlenségét, Amalfi területét először egy gróf irányította, akit a helyi nemesi családok választottak meg időközönként, később pedig egy herceg.A 9. században Amalfi a legnagyobb fénykorát élte, ami nagy területi kiterjedésének is köszönhető: Cetara, Positano, Capri, Li Galli, de a Monti Lattari, egészen Gragnanóig a hercegséghez tartozott, amelynek sikerült érvényesülnie és a másik három tengeri köztársasággal vetekednie. A Pisával, Genovával és Velencével való rivalizálása ellenére Amalfinak sikerült érvényesülnie a Földközi-tengeren belül, és virágzó és virágzó kereskedelmet kialakítania, köszönhetően a legfontosabb külföldi városokban elhelyezett különböző gyarmatoknak is.Ebből az időszakból származik a tengerészeti törvénykönyv, a Tavola Amalfitana (ide kattintva olvasható "A Tavola di Amalfi egy kiadatlan latin nyelvű fejezete"), amely a 18. századig volt érvényben Amalfiban, és amelyet ma a városi múzeumban őriznek. A kódexnek köszönhetően sikerült részletesen rekonstruálni az amalfis társadalom működését és fejlődését.1039-től Amalfi az ellentétek és változások színtere volt: ugyanebben az évben V. Guaimaro salernói herceg meghódította. Rövid uralom után azonban Amalfi a Dél-Itálián végigsöprő Guiscard Róbert kezébe került, akivel szemben elegendő erő hiányában lehetetlen volt szembeszállni. Marino Sebastét, Amalfi utolsó hercegét letaszították. Néhány hónap múlva azonban a pápa vezetésével szövetség alakult, amelyben Pisa is részt vett: így a pisaiak Guiscard megállításának indoklásával megragadták az alkalmat, hogy birtokba vegyék a salernói partvidéket. Két évnyi erőszak és fosztogatás után az addigra hűbérbirtokká silányult Amalfit elhagyták, és sorsára hagyták, messze elmaradva korábbi fényétől.Különböző belső harcok után, amelyek tovább gyengítették, 1131-ben II. Roger normannjai hódították meg. A király gondoskodott arról, hogy Amalfi kereskedelmi tevékenységei ismét virágzóvá váljanak, és nagymértékben ösztönözte a város fejlődését, amely egy gyenge fellendülés után továbbra is a déli gazdaság egyik fő táplálékforrása maradt.1135-ben a szaracénok kellő távolságban tartásával elfoglalt amalfit meglepetésként érte a pisaiak flottája, akik megragadták az alkalmat, hogy megszállják és kardélre hányják a várost.Amalfi hanyatlása azonban már a normannok politikájával megkezdődött, akik a bizánci és muszlim lakossággal szembeni zárkózottságuk miatt a kereskedelmi forgalom nagy részét elzárták.A középkor folyamán Amalfi mindazonáltal megőrizte bizonyos jelentőségét a dél-itáliai tengeri forgalomban, anélkül azonban, hogy megnyílt volna a fő mediterrán országok felé, ami jelentősen csökkentette bevételeit. Ebben az időszakban Salerno városa is erős és jól szervezett flottával rendelkezett: egyrészt a kereskedelem számára hasznos kereskedelmi flottával, másrészt a katonai flottával, amely mindenekelőtt az arabok elleni harcokban tűnt ki. Külön említést érdemel a 849-es ostiai csata, amikor az amalfitánok beavatkozásának köszönhetően sikerült megállítani a Róma lerohanására és kifosztására készülő muszlim flottát.Éppen Amalfiban maradtak fenn egy középkori arzenál maradványai, amely az egyetlen ilyen jellegű épület Dél-Olaszországban: a két hajóval és tizenkét pillérrel máig fennmaradt épület a 11. századból származik, de az 1240-ben és 1272-ben végzett legfontosabb felújítások nyomai még jól láthatók. Az arzenált elsősorban hadihajók építésére használták, mivel a kereskedelmi hajókat közvetlenül a parton építették. Az arzenál a 14. század közepéig működött: 1343-ban egy libeccio vihar után egy víz alatti földcsuszamlás következtében az építmény teljesen víz alá került.A 14. század vége és a 15. század eleje között Amalfi egyik uralomból a másikba került: a Sanseverinók a Colonnákhoz, majd az Orsinikhoz, végül a Piccolominikhoz.A 15. században az aragóniai uralom még inkább hozzájárult a város hanyatlásához, mivel a kereskedelmi tengeri forgalom nagy részét elvették Amalfitól, és helyette a katalán hajósokra bízták. Innen indult el a lassú, de feltartóztathatatlan hanyatlás, amely az 1643-as pestisjárványban csúcsosodott ki, amely harmadára csökkentette a partvidék lakosságát, tovább fokozva a szegénység állapotát. A megmaradt néhány nemesi család Nápolyba költözött, Amalfi pedig szinte lakatlan maradt.A 18. században azonban néhány kézműves tevékenység kezdett kialakulni, mint például a kovácsok, a korallmunkások, az órásmesterek és az úgynevezett "centrellari", azaz a szögkovácsok.1800-ban Amalfi egyfajta újjászületésen ment keresztül: 1807-ben Joseph Bonaparte, aki ellátogatott az Amalfi-partra, felismerte annak felbecsülhetetlen szépségét, és úgy döntött, hogy elrendeli egy Nápolyt és a partot összekötő út építését.A munkálatok Joachim Murat alatt folytatódtak, és 1854-ben fejeződtek be, amikor az utat felavatták. Erik Ibsen itt találta meg az ihletet a "Casa di Bambola" című művének befejezéséhez.A 20. század második felében, az olasz félszigeten végigsöprő gazdasági fellendüléssel Amalfi, Nápoly és Capri szigetével együtt híres turisztikai célponttá vált.