Amalfio kilmę liudija nedaug duomenų, tačiau užrašas "Descendit ex patribus romanorum" patvirtina, kad Amalfį įkūrė romėnai. Legenda byloja, kad Amalfis buvo mergelė, kurią pamilo Heraklis, o paskui dievų valia čia palaidotas.Romėnai čia prisiglaudė greičiausiai dėl germanų ir lombardų invazijų, o miestas buvo naudojamas kaip Bizantijos Neapolio kunigaikštystės gynybinė tvirtovė. Dėl Amalfio jūrų specialistų įgūdžių bizantiečiai palaikė taikos ir bendradarbiavimo santykius su amalfitiečiais.Nuo IX a. Amalfis tapo viena iš keturių Italijos jūrinių respublikų ir kartu su konkurentėmis Venecija, Genuja ir Piza varžėsi dėl viršenybės pusiasalyje.Amalfio miestui priskiriamas kompaso išradimas, kurio autorystė priskiriama Flavio Gioia, XIII a. įdiegusiam kompasą kaip orientavimosi priemonę jūreiviams. Tačiau, remiantis naujausiomis rekonstrukcijomis, ne Flavio, o Giovanni Gioia išrado kompasą ir paskatino jo vėlesnį paplitimą Viduržemio jūros regione.Ypatingi Amalfio jūreivių įgūdžiai padėjo užmegzti taikius santykius, daugiausia prekybos srityje, su visais kaimyniniais gyventojais. Nuo 596 m. Amalfis tapo vyskupijos sostine, o 839 m. gavo autonomiją nuo Neapolio, tačiau išliko geidžiamas Salerno kunigaikščių grobis, kuriam sugebėjo išmintingai pasipriešinti, visų pirma todėl, kad buvo klestintis ir išsivystęs.Kai Amalfis tapo nepriklausomas, Amalfio teritoriją iš pradžių valdė grafas, kurį periodiškai rinkdavo vietos didikų šeimos, o vėliau - kunigaikštis.IX amžiuje Amalfis išgyveno didžiausią spindesį ir dėl to, kad labai išsiplėtė jo teritorija: Cetara, Positanas, Kapris, Li Galli, taip pat Lattari kalnai iki pat Gragnano buvo įtraukti į kunigaikštystę, kuriai pavyko įsitvirtinti ir konkuruoti su kitomis trimis jūrinėmis respublikomis. Nepaisant konkurencijos su Piza, Genuja ir Venecija, Amalfis sugebėjo įsitvirtinti Viduržemio jūros regione ir plėtoti klestinčią ir klestinčią prekybą, be kita ko, dėl įvairių kolonijų, įkurtų svarbiausiuose užsienio miestuose.Šiuo laikotarpiu Amalfyje galiojo jūrų teisės kodeksas, arba Tavola Amalfitana (spauskite čia, norėdami perskaityti "Nepublikuotas lotyniškas Tavola di Amalfi skyrius"), kuris Amalfyje galiojo iki XVIII a. ir dabar saugomas miesto muziejuje. Kodekso dėka pavyko išsamiai rekonstruoti Amalfio visuomenės funkcionavimą ir raidą.Nuo 1039 m. Amalfis buvo kontrastų ir permainų scena: tais pačiais metais jį užkariavo Salerno kunigaikštis Guaimaro V. Tačiau po trumpo dominavimo Amalfis atiteko Robertui Guiskardui, kuris veržėsi per pietų Italiją ir kuriam pasipriešinti buvo neįmanoma dėl nepakankamų pajėgų stokos. Paskutinis Amalfio kunigaikštis Marinas Sebastė buvo nuverstas. Tačiau po kelių mėnesių buvo sudaryta popiežiaus vadovaujama Lyga, kurioje dalyvavo ir Piza: taip, teisindamiesi, kad sustabdė Guiskardą, piziečiai pasinaudojo proga užimti Salerno pakrantę. Po dvejų smurto ir plėšikavimo metų Amalfis, iki tol paverstas feodu, buvo apleistas ir paliktas likimo valiai, toli gražu nebepasižymintis buvusia didybe.Po įvairių vidinių kovų, kurios dar labiau jį nusilpnino, 1131 m. jį užkariavo Rodžero II normanai. Karalius užtikrino, kad Amalfio komercinė veikla vėl klestėtų, ir labai paskatino miesto plėtrą, kuris po silpno atsigavimo ir toliau buvo vienas pagrindinių pietų ekonomikos pragyvenimo šaltinių.1135 m. Amalfio laivyną, kuris buvo užsiėmęs saracėnų laikymu per atstumą, netikėtai užklupo pisiečiai, pasinaudoję proga įsiveržti į Amalfį ir jį užkariauti.Tačiau Amalfio nuosmukis jau buvo prasidėjęs dėl normanų politikos, kurie dėl savo uždarumo bizantiečių ir musulmonų atžvilgiu užblokavo didžiąją dalį komercinio transporto.Visais viduramžiais Amalfis vis dėlto išlaikė tam tikrą reikšmę jūrų transportui pietų Italijoje, tačiau neatsivėrė pagrindinėms Viduržemio jūros regiono šalims, taip gerokai sumažindamas savo pajamas. Šiuo laikotarpiu Salerno miestas taip pat turėjo galingą ir gerai organizuotą laivyną: viena vertus, prekybinį laivyną, naudingą prekybai, ir, kita vertus, karinį laivyną, kuris pirmiausia pasižymėjo kovose su arabais. Ypač paminėtinas 849 m. Ostijos mūšis, kai dėl amalfitiečių įsikišimo buvo sustabdytas musulmonų laivynas, pasiruošęs įsiveržti į Romą ir ją apiplėšti.Būtent Amalfyje išliko viduramžių arsenalo, vienintelio tokio pobūdžio pietų Italijoje, liekanos: iki šių dienų išlikęs pastatas su dviem navomis ir dvylika kolonų datuojamas XI amžiumi, tačiau dar aiškiai matomi svarbiausių 1240 ir 1272 m. vykusių rekonstrukcijų požymiai. Arsenale daugiausia buvo statomi karo laivai, nes prekybiniai laivai buvo statomi tiesiai ant kranto. Arsenalas veikė iki XIV a. vidurio: 1343 m., po libeccio audros, dėl povandeninės nuošliaužos statinys buvo visiškai paskandintas.Nuo XIV a. pabaigos iki XV a. pradžios Amalfis pereidavo iš vieno dominavimo į kitą: iš Sanseverinų į Kolonų, vėliau į Orsinių, po to į Pikolominių.XV a. Aragoniečių dominavimas dar labiau prisidėjo prie miesto nuosmukio, nes iš Amalfio buvo atimta didžioji dalis komercinio jūrų transporto, o jo vietą užleido katalonų jūrininkams. Taip prasidėjo lėtas, bet nenumaldomas nuosmukis, kurį vainikavo 1643 m. maras, trečdaliu sumažinęs pakrantės gyventojų skaičių ir dar labiau padidinęs jos skurdą. Kelios likusios kilmingos šeimos persikėlė į Neapolį, o Amalfis liko beveik negyvenamas.Tačiau XVIII a. pradėjo vystytis kai kurie amatai, pavyzdžiui, kalviai, koralų apdirbėjai, laikrodininkai ir vadinamieji "centrellari", arba vinių kalviai.1800 m. Amalfis tarsi atgimė: 1807 m. Amalfio pakrantėje apsilankęs Žozefas Bonapartas pripažino jos neįkainojamą grožį ir nusprendė įsakyti nutiesti kelią, jungiantį Neapolį ir pakrantę.Darbai buvo tęsiami vadovaujant Joachimui Muratui ir baigti 1854 m., kai kelias buvo iškilmingai atidarytas. Čia Erikas Ibsenas rado įkvėpimo užbaigti savo "Casa di Bambola".XX a. antroje pusėje, Italijos pusiasalį apėmus ekonominiam pakilimui, Amalfis kartu su Neapoliu ir Kaprio sala tapo garsiais turistų traukos centrais.