Der Große Rat der Stadt gründete 1561 das Archäologische Museum. Im Laufe des Jahres 1800 wurde die Sammlung römischer Grabsteine durch die von P. Vimercati Sozzi und G. Mantovani und später durch die Funde der Archäologischen Oberaufsicht der Lombardei bereichert. Die prähistorische Abteilung umfasst Stücke aus dem Neolithikum bis zur Eisenzeit des Territoriums von Bergamo. Von besonderer Bedeutung sind die Urnen aus dem Golasecca-Friedhof in Brembate di Sotto. Mehrere Stücke aus Grabstätten sind gallische Artefakte und Objekte der römischen Kultur. Der lapidare Teil zeigt römische Grabsteine, die von der Anwesenheit einheimischer keltischer Familien und römischer Bürger zeugen, die nach Norden gezogen waren. In dem der Stadt gewidmeten Abschnitt wird die Geschichte Bergamos erzählt, von der frühgeschichtlichen Siedlung Golasecca bis zum römischen Rathaus. Die Fresken, die in einem Domus gefunden wurden, können zwischen dem Ende des 1. und 2. Jahrhunderts n. Chr. datiert werden. Die Statuen fallen durch ihre hohe Qualität und ihr hohes Alter auf (1. Jh. v. Chr.). Die frühmittelalterliche Abteilung zeigt gotische und lombardische Stücke, darunter ein bemerkenswertes Arsenal von Kriegern. Einige Blattgoldkreuze sind ausgezeichnete Kunstwerke.
