L'església se situa en el cim del turó en una bonica ubicació. En el lloc de l'actual església hi havia una petita església construïda per el Camaldolese monjos al segle XI, i dedicada a Sant Basili. L'església va ser danyat durant el saqueig de Cortona de 1258 i reconstruït en 1288 per Santa Margherita va ser dedicada a Sant Basili, Sant Egidio mònaco i Santa Caterina d'Alexandria. Santa Margarida, en una habitació de la part posterior d'aquesta petita església va viure els últims anys de la seva vida i hi va morir, l'any 1297. Va ser enterrat a l'Església de Sant Basili. Immediatament després de la mort de Margherita la cortonesi, al costat de l'església, va construir una església més gran de disseny per Giovanni Pisano i en 1330 es va traslladar el cos del Sant. De la del segle xiv edifici queden només la rosassa de la façana, el campanar i els murs exteriors de la coral. Durant tot el segle xiv, l'església va continuar adornat amb importants frescos. D'aquest mural cicle ens han arribat pocs fragments es conserven en el Museu Diocesà, però l'evidència de que es conserva en un codi del segle xvii que documents amb vint-i-un watercolored escenes de les pintures murals perdut en el 1653, quan, a causa del seu mal estat de Conservació, que es va rentar. L'anàlisi de la supervivència fragments condueix fins a la data-los al voltant de 1335 i d'atribuir-los al taller d'un o els dos germans Lorenzetti. El 1385 l'església es va encarregar de fer la Olivetan monjos, substituït en 1389 per l'observador menors que encara cuidar-lo i donar la benvinguda als visitants. L'església tenia successives transformacions en l'època moderna, de les quals els segles xvii-xix altars queden, però la transformació més important, però totalment desaparegut, que va ser el volien en el centre de la '700 per John V, Rei de Portugal, que havia rebut una gràcia del Sant. L'actual església és en canvi el resultat del segle xix de reconstrucció, va encarregar primer per l'arquitecte Enrico Presenti, que va substituir a l'original de nau única amb una basílica estructura, a continuació, a l'arquitecte Mariano Falcini, que va acabar el sagrat edifici sense agradable la cortonese. Per tant, el 1896, l'arquitecte Giuseppe Castellucci es va encarregar de refer la façana, que porta a l'ull de l'del segle xiv la rosassa de l'antic enderrocada església. A l'agost de 1927 va ser elevat a la dignitat de basílica Menor. A la capella de l'esquerra, el creuer és la del segle xiv sepulcral de marbre monument de santa Margherita; la venerada restes reposen en l'urna de plata (1646) a l'Altar major.
