Tempat suci ini didedikasikan untuk sosok Santa Margherita, pelindung Kortona dan Franciscan ketiga, dan mengamati aktivitas budaya dan spiritual dari Franciscan. Pada kematian Santo (22 Februari, 1297) diputuskan untuk membangun sebuah gereja untuk menghormatinya, di samping gereja kuno San Basilio yang telah dipulihkan oleh Margherita setelah memilih tempat penebusan dosa dan doa. Pada tahun 1304 gedung Suci sudah dibangun, tapi terus diperbaharui dengan frame penting sepanjang abad keempat belas. Hanya beberapa fragmen ini siklus mural telah datang kepada kami di Museum Diocesan, tetapi bukti itu diawetkan dalam kode dari abad ketujuh belas bahwa dokumen dengan dua puluh satu layar watercrafted lukisan dinding yang hilang di tahun 1653 ketika, karena negara mereka miskin konservasi, mereka dicuci pergi. Analisis fragmen yang hidup mengarah ke tanggal mereka sekitar 1335 dan atribut mereka ke bengkel satu atau kedua saudara Lorenzetti. Pada 1385 ... gereja dipercayakan kepada para biarawan Olivetan, digantikan tahun 1389 oleh para pengamat yang masih mengurus itu dan menyambut pengunjung. Pada bulan Agustus 1927 itu diangkat menjadi martabat basilica Minor.
