La basilique San Clemente al Laterano, moins touristique, raconte l'histoire de Rome à partir des différentes couches de l'église. L'église actuelle "San Clemente", dédiée au pape Clément Ier, a été construite au 12e siècle sur une église du 4e siècle. En dessous, de nombreuses autres fondations romaines ont été découvertes. La basilique actuelle est l'une des nombreuses basiliques de Rome et n'est pas la raison principale de votre visite, mais des vestiges de maisons romaines (500-27 avant J.-C.) ont été découverts à 20 mètres sous cette église. On pense que ces maisons ont été détruites par un grand incendie sous le règne de l'empereur Néron et qu'elles ont ensuite servi de fondations.
Au-dessus de ces fondations, une autre grande maison a été découverte, construite au 1er siècle. Cette maison servait d'église secrète pour le pape Clément à cette époque, car la liberté de religion n'existait pas encore.
Au cours du 4e siècle, lorsque la liberté de religion a été accordée, une basilique a été construite au-dessus de l'église secrète. L'église était dédiée à la tombe de Saint Clément, le troisième successeur de Pierre comme pape. Ce qui rend cette basilique unique, c'est la richesse de sa décoration par des peintres et des sculpteurs.
En 1084, une grande partie de l'église a été détruite par des raids vikings, après quoi le pape Pascal a fait construire une nouvelle église sur l'ancienne au 12e siècle. Afin de créer une fondation solide, certaines parties de l'ancienne église ont été maçonnées et comblées.
Depuis 1862, de nombreuses fouilles ont été effectuées pour mettre à jour les structures anciennes, les mosaïques et les fresques de l'église inférieure. Lorsque vous visitez l'église, vous voyagez à travers les différentes couches de son histoire.