Crkva stoji na vrhu brda na šarmantnom mjestu. Na mjestu sadašnje crkve postojala je mala crkva koju su izgradili kamaldolski redovnici u XI stoljeću i posvećeni Svetom Basilu. Crkva je oštećena tijekom cortonove torbe 1258 i obnovljena 1288. godine, posvećena je Sveta Margherita, kao i Sv. Sveta Margarita, u stražnjoj sobi ove crkve živjela je posljednjih godina svog života i umrla tamo 1297.godine. Pokopana je u crkvi Sv. Ubrzo nakon smrti Margherita cortonci, pored crkve, izgradili veliku crkvu na projektu Giovanni Pisano i u 1330 preselio tijelo sv. iz zgrade XIV stoljeća ostaju samo utičnica na pročelju, zvonik i vanjski zidovi zbora. U roku od tri stotine sati crkva je i dalje bila ukrašena važnim freskama. Iz ovog ciklusa slikanja došli su do nas samo nekoliko fragmenata sačuvanih u biskupijskom muzeju, ali je bilo dokaza o tome u Kodeksu XVII stoljeća, koji dokumentira s 21 akvarelnim scenama slikanja izgubljenih 1653. godine, kada su zbog lošeg stanja očuvanja bili uništeni. Analiza sačuvanih fragmenata potiče ih da datiraju oko 1335. godine i pripisuju ih radionici jedne ili obje braće Lorenzetti. Godine 1385. crkva je predana olivetanskim redovnicima, zamijenjenim 1389. od strane maloljetnih promatrača koji su do sada brinuli o njoj i pozdravili posjetitelje. Crkva je imala dosljedne transformacije u moderno doba, od kojih ostaju oltari stoljeća, ali najvažnija transformacija, ali potpuno nestala, bila je ono što je Ivan V, kralj Portugala, želio sredinom 700-ih, koji je dobio milost od sv. Sadašnja crkva rezultat je rekonstrukcije devetnaestog stoljeća, prvo povjerena arhitektu Enrico Presenti, koji je zamijenio originalnu instalaciju s jednim nefom s bazilikom, a zatim arhitekt Mariano Falcini, koji je završio svetu zgradu bez ugode cortoncima. Stoga je 1896. godine arhitekt Giuseppe Castellucci bio zadužen za preoblikovanje fasade koja nosi utičnicu XIV stoljeća drevne crkve. U kolovozu 1927. podignut je u San Minoru. U kapelici lijevog transepta nalazi se mramorni grobni spomenik Sv.
