Svetište je posvećeno liku Svete Margarite, pokroviteljice Cortone i Franjevačkog Trojstva, kao i naknadne kulturne i duhovne aktivnosti promatrača franjevaca. Nakon smrti Svete (22 veljače 1297) odlučeno je izgraditi crkvu u njezinu čast, zajedno s drevnom crkvom Sv. Već je izgrađena Sveta zgrada 1304. godine, ali je i dalje bila ukrašena važnim freskama tijekom tri stotine. Iz ovog ciklusa slikanja došli su do nas samo nekoliko fragmenata sačuvanih u biskupijskom muzeju, ali je bilo dokaza o tome u Kodeksu XVII stoljeća, koji dokumentira s 21 akvarelnim scenama slikanja izgubljenih 1653. godine, kada su zbog lošeg stanja očuvanja bili uništeni. Analiza sačuvanih fragmenata potiče ih da datiraju oko 1335. godine i pripisuju ih radionici jedne ili obje braće Lorenzetti. Godine 1385. crkva je predana olivetanskim redovnicima, zamijenjenim 1389. od strane maloljetnih promatrača koji su do sada brinuli o njoj i pozdravili posjetitelje. U kolovozu 1927. podignut je u San Minoru.
