Kostel stojí na vrcholu kopce na krásném místě. Na místě dnešního kostela byl malý kostel postavený mnichy Camaldolese v XI století a zasvěcený svatému Basilovi. Kostel byl poškozen během pytel Cortona z 1258 a přestavěn v 1288 Santa Margherita byl zasvěcen Sv Basil, St. Egidio monaco a St. Catherine of Alexandria. Svatá Markéta, v místnosti v zadní části tohoto malého kostela, žila poslední roky svého života a zemřela tam v roce 1297. Byla pohřbena v kostele sv. Bezprostředně po smrti Margherita na cortonesi, vedle kostela, postaven větší kostel návrhu Giovanni Pisano a v roce 1330 přesunul tělo Světce. Z budovy čtrnáctého století zůstává pouze růžové okno v průčelí, zvonice a vnější stěny chóru. Během čtrnáctého století byl kostel nadále zdoben důležitými freskami. Nástěnná malba cyklu mají přijít k nám jen několik fragmentů dochovaných v Diecézní Muzeum, ale důkaz je zachována v kodexu sedmnáctém století, že dokumenty s dvacet-jeden watercolored scény nástěnných maleb ztracena v roce 1653, kdy, vzhledem k jejich špatnému stavu Zachování, byly odplaveny. Analýza dochovaných fragmentů vede k dnešnímu dni je kolem 1335 a přiřadit je do dílny jednoho nebo obou Lorenzetti bratři. V roce 1385 byl kostel svěřen Olivetským mnichům, v roce 1389 ho nahradili všímaví nezletilí, kteří se o něj stále starají a vítají návštěvníky. Kostel měl postupných transformací v moderní době, která v sedmnáctém století oltáře zůstávají, ale nejdůležitější transformace, ale úplně zmizel, byl jeden chtěl ve středu '700 John V., Krále Portugalska, který dostal milost od Saint. Současný kostel je místo výsledek devatenáctého století, rekonstrukce, svěřil první architekt Enrico Presenti, který nahradil původní jednolodní s basilica strukturu, pak architekt Mariano Falcini, který skončil posvátné budovy bez potěšit cortonese. Proto v roce 1896 architekt Giuseppe Castellucci byl pověřen předělat fasádu, která nese v oku čtrnáctého století rozeta starého zbořeného kostela. Srpna 1927 byla povýšena na důstojnost baziliky Minor. V kapli levého transeptu je mramorový hrobový památník santa Margherita ze čtrnáctého století; uctívané ostatky spočívají ve stříbrné urně (1646) u hlavního oltáře.
