Svatyně je věnována postava Santa Margherita, patronka Cortona a Františkánský terciární, a následné kulturní a duchovní činnost pozorování Františkáni. Na smrt Světce (22. února 1297), bylo rozhodnuto postavit kostel na její počest, vedle starobylého Kostela San Basilio, že Margherita sama byla obnovena po výběru to jako místo pokání a modlitba. V roce 1304 byla posvátná budova již postavena, ale i nadále byla zdobena důležitými freskami po celé čtrnácté století. Pouze několik fragmentů tento výjev cyklu mají přijít k nám na Diecézní Muzeum, ale důkaz je zachována v kodexu sedmnáctém století, že dokumenty s dvacet-jeden watercolored scény nástěnných maleb ztracena v roce 1653, kdy, vzhledem k jejich špatnému stavu Zachování, byly odplaveny. Analýza dochovaných fragmentů vede k dnešnímu dni je kolem 1335 a přiřadit je do dílny jednoho nebo obou Lorenzetti bratři. V roce 1385 byl kostel svěřen Olivetským mnichům, v roce 1389 ho nahradili všímaví nezletilí, kteří se o něj stále starají a vítají návštěvníky. Srpna 1927 byla povýšena na důstojnost baziliky Minor.
