Kostol stojí na vrchole kopca v krásnej lokalite. Na mieste dnešného kostola bol malý kostol postavený mníchmi Camaldolese v XI storočí a zasvätený sv Basil. Kostol bol poškodený počas vreca Cortony z roku 1258 a prestavaný v roku 1288 Santa Margherita bol zasvätený sv Basil, St Egidio monaco a Sv Katarína Alexandria. Svätá Margaret, v miestnosti v zadnej časti tohto malého kostola žila posledné roky svojho života a zomrela tam v roku 1297. Bola pochovaná v kostole sv. Hneď po smrti Margherity postavil cortonesi vedľa kostola väčší kostol, ktorý navrhol Giovanni Pisano, a v roku 1330 presťahoval telo svätca. Zo štrnásteho storočia zostáva len ružové okno na fasáde, zvonica a vonkajšie steny zboru. Počas štrnásteho storočia bol kostol naďalej ozdobený dôležitými freskami. Z tohto nástenného cyklu k nám prišlo len niekoľko fragmentov zachovaných v Diecéznom múzeu, ale dôkazy o tom sú zachované v kóde sedemnásteho storočia, ktorý dokumentuje dvadsaťjeden akvarelových scén nástenné maľby stratené v roku 1653, keď boli kvôli svojmu zlému stavu ochrany zmyté. Analýza prežívajúcich fragmentov ich vedie okolo roku 1335 a pripisuje ich dielni jedného alebo oboch bratov Lorenzettiho. V roku 1385 bol kostol zverený Olivetským mníchom, v roku 1389 ho nahradili pozorní maloletí, ktorí sa oň stále starajú a vítajú návštevníkov. Cirkev mala po sebe idúce transformácie v modernej dobe, z ktorých zostávajú oltáre sedemnásteho storočia, ale najdôležitejšia transformácia, ale úplne zmizla, bola tá, ktorú chcel uprostred '700 John V, portugalský kráľ, ktorý dostal milosť od svätca. Súčasný kostol je namiesto toho výsledkom rekonštrukcie devätnásteho storočia, ktorá bola zverená najprv architektovi Enrico Presenti, ktorý nahradil pôvodnú jednoloďovú loď bazilikovou štruktúrou, potom architektovi Marianovi Falcinimu, ktorý dokončil posvätnú budovu bez potešenia cortonese. Preto v roku 1896 bol architekt Giuseppe Castellucci poverený prerobiť fasádu, ktorá nesie do očí ružové okno zo štrnásteho storočia starého zbúraného kostola. V auguste 1927 bola povýšená na dôstojnosť malej baziliky. V kaplnke ľavého transeptu je mramorová hrobka zo štrnásteho storočia santa Margherita; uctievané pozostatky spočívajú v striebornej urne (1646) pri vysokom oltári.