Bazilika svatého Mikuláše je nejvýznamnější stavbou apulské románské architektury. Stavěla se od roku 1087, kdy námořníci ukradli světcovy ostatky z Bari do svatyně v Miře, a stala se závazným vzorem pro stavbu mnoha budov v regionu.K odvozu relikvií došlo v době, kdy se město Bari snažilo získat zpět nadvládu v regionu po neklidném období nástupu Normanů k moci. Relikvie nebyly předány městskému biskupovi, ale benediktinskému mnichovi Eliášovi, kterému se podařilo získat od Rogera Borsa, Guiscardova syna, povolení ke stavbě nové svatyně, která by byla pro obyvatele Bari opěrným bodem proti biskupově moci. Stavba probíhala velmi rychle, jestliže již v roce 1089 papež Urban II. vysvětil oltář krypty, aby se tak stalo současně s přenesením relikvií. Truchlivé události v Bari zpomalily stavbu kostela přinejmenším do let po roce 1156, kdy město zničil Vilém I. Zlý. Nová stavební kampaň vedla ke konečnému vysvěcení v roce 1197. Průčelí je poslední ukončenou částí kostela, a proto se nejvíce liší od původního návrhu.Průčelí uzavřené mezi dvěma věžemi je trojboké s pilastry. Původně zahrnovala portikus, který nebyl nikdy realizován a měl zakrývat jediný portál se středovým profilem. Portikus byl doplněn ve druhé stavební fázi, stejně jako dva boční portály, aby více vynikla spodní část fasády.Vnější vlys klenby je pokryt obydlenou ratolestí, která symbolizuje eucharistické téma. V rozích jsou na dvou nízkých byzantských reliéfech vyobrazeni dva andělé, kteří adresují oběť svatému Mikuláši, zobrazenému uprostřed lunety.Boční stranu kostela přerušují mohutné oblouky, které půdorysně rozšiřují šířku lodi tak, aby se vyrovnala šířce transeptu. Nad nimi je pět vzdušných lodžií hexaforo na berličkových hlavicích. Oblouky byly ve 14. století uzavřeny, aby uvnitř kostela vznikly vznešené kaple, a obnoveny byly až při opravách ve 20. století. Pod jedním z oblouků se nachází Porta dei Leoni (Lví brána), nejvýznamnější sochařský a architektonický soubor kostela.Portál zcela obklopený římsou pokrytou obydlenou vinnou révou je překryt archivoltou pokrytou postavami ozbrojených rytířů. Kolem něj spadá vystupující římsa na dva sloupy podepřené stylizovanými lvy.Na šambránách a architrávu se lidské a zvířecí postavy pohybují směrem ke kantaru uprostřed. Interiér baziliky byl po zemětřesení v roce 1456 zásadně změněn výstavbou tří příčných oblouků. Nejvýchodnější oblouk spočívá na kompozitních pilířích přerušujících řady podélných sloupů. Další dva si vyžádaly zdvojení sloupů prvních dvou řad lodi opětovným použitím starobylých exemplářů, které jsou na místě stále k dispozici.Lodě jsou zaklenuty křížovými klenbami, jejichž příčné oblouky padají na polosloupy opřené o boční stěny.Trojitý oblouk se zajímavými hlavicemi odděluje loď od transeptu.Boční apsidy jsou rozměrově mnohem menší než centrální. Průčelí transeptů jsou otevřena dvěma řadami dvojitých lancetových oken; pod nimi je zavěšená cesta spojující ženské galerie s apsidálními věžemi. Pod transepty se rozprostírá krypta, do níž se vstupuje dvěma bočními schodišti. Je rozdělena na třicet šest polí s křížovou klenbou a má velmi zajímavý soubor hlavic: většina z nich byla pro kryptu zhotovena mezi lety 1087 a 1089.
