Kościół stoi na szczycie wzgórza w uroczym miejscu. W miejscu obecnej cerkwi istniał niewielki kościół zbudowany przez mnichów kamaldolskich w XI wieku i poświęcony św. Bazylowi. Kościół został uszkodzony podczas worek Cortona 1258 i odbudowany w 1288 roku św Margherita została poświęcona, a także św Bazylego, św Egidius Monako i św Katarzyny Aleksandryjskiej. Święta Małgorzata, na zapleczu tego kościoła przeżyła ostatnie lata swojego życia i zmarła tam w 1297 roku. Została pochowana w kościele św. Bazylego. Wkrótce po śmierci Margherity cortonza, obok kościoła, wybudował duży kościół według projektu Giovanniego Pisano i w 1330 przeniósł ciało św. z XIV-wiecznej budowli pozostaje tylko rozeta na fasadzie, Dzwonnica i Zewnętrzne ściany chóru. Przez trzysta godzin Kościół nadal zdobiony był ważnymi freskami. Z tego cyklu malowidła dotarło do nas tylko kilka fragmentów zachowanych w Muzeum Diecezjalnym, ale zachowały się dowody na to w XVII-wiecznym Kodeksie, który dokumentuje 21 scen akwarelowych malowidła utracone w 1653 roku, kiedy to z powodu ich złego stanu zachowania zostały zniszczone. Analiza zachowanych fragmentów skłania do datowania ich na około 1335 r.i przypisania ich warsztatowi jednego lub obu braci Lorenzettiego. W 1385 r. kościół został przekazany mnichom oliwetańskim, zastąpionym w 1389 r.przez nieletnich obserwatorów, którzy nadal się nim opiekują i witają gości. Kościół miał kolejne przemiany w epoce nowożytnej, z których pozostają ołtarze stulecia, ale najważniejszą transformacją, ale całkowicie zniknęła, było to, czego pragnął w połowie lat 700. Jan V, król Portugalii, który otrzymał łaskę od św. Obecny kościół jest wynikiem XIX-wiecznej przebudowy powierzonej najpierw architektowi Enrico Presenti, który zastąpił pierwotną instalację jednonawową z bazyliką, a następnie architektowi Mariano Falchini, który ukończył Święty budynek bez zadowolenia cortończyków. Dlatego w 1896 r. architekt Giuseppe Castellucci otrzymał zadanie przebudowy fasady, która nosi XIV-wieczną rozetę starożytnego kościoła. W sierpniu 1927 został podniesiony do godności Minora. W kaplicy lewego transeptu znajduje się marmurowy nagrobek św. Małgorzaty z XIV wieku; czczone szczątki spoczywają w srebrnej urnie (1646) przy ołtarzu głównym.
