Sanktuarium poświęcone jest postaci św. Małgorzaty, patronki Cortony i Trójcy Franciszkańskiej, a także późniejszej działalności kulturalnej i duchowej obserwujących Franciszkanów. Po śmierci św. (22 lutego 1297) postanowiono wybudować kościół ku jej czci, wraz z dawnym kościołem św. Bazylego, który sama Małgorzata odbudowała po wybraniu go jako miejsca pokuty i modlitwy. W 1304 r.Święty budynek został już zbudowany, ale przez cały okres trzystu lat zdobiły go ważne freski. Z tego cyklu malowidła dotarło do nas tylko kilka fragmentów zachowanych w Muzeum Diecezjalnym, ale zachowały się dowody na to w XVII-wiecznym Kodeksie, który dokumentuje 21 scen akwarelowych malowidła utracone w 1653 roku, kiedy to z powodu ich złego stanu zachowania zostały zniszczone. Analiza zachowanych fragmentów skłania do datowania ich na około 1335 r.i przypisania ich warsztatowi jednego lub obu braci Lorenzettiego. W 1385 r. kościół został przekazany mnichom oliwetańskim, zastąpionym w 1389 r.przez nieletnich obserwatorów, którzy nadal się nim opiekują i witają gości. W sierpniu 1927 został podniesiony do godności Minora.
