Prawdziwy wczesny Ośrodek Franciszkanizmu, Porziuncola stała się jednym z najważniejszych miejsc pielgrzymkowych, tak bardzo, że papież pobożny V, pod koniec soboru w Trydencie, zdecydował się na budowę tej wspaniałej Bazyliki w celu nadania nowego życia Zakonowi Braci Mniejszych i odpowiedniego przyjęcia dla wielu wiernych, którzy już odwiedzali Porziuncolę. Kościół posiada trzy nawy, z nie wystającym transeptem, przekreśloną kopułą i półkolistą apsydą, zaprojektowaną przez Galeazzo Alessi; ukończono ją w 1679 r .z budową dzwonnicy po prawej stronie, która powinna być podobna do tej po lewej, która kończy się tuż nad dachem kościoła.
Trzęsienia ziemi z 1832 roku spowodowały zawalenie się nawy Środkowej aż do sklepienia krzyżowego, odcinków bocznych i górnej części fasady, przy czym zachowano kopułę i apsydę. Skupienie Bazyliki, czyli kaplicy Porziuncola pojawia się jako mały kościół, bezpośrednio pod kopułą. Na początku XIII wieku kościół został opuszczony wśród dębów należących do benedyktynów z Subasio. Około 1205 R. Franciszek założył tam swój dom, odrestaurował kościół i założył Zakon Franciszkanów. Pierwsze chaty dla mnichów wykonane z gliny i trzciny zostały zbudowane wokół Porziuncola. Było to miejsce, w którym św. Franciszek mieszkał najczęściej, gdzie nadał św. Klarze habit zakonny (1212) i gdzie prowadził Kapitułę Mats (1221), w której uczestniczyło ponad 5000 zakonników. Tradycja głosi, że tutaj św. Franciszek uzyskał odpust zupełny od Najświętszej Maryi Panny. Porziuncola jest bardzo prostą prostokątną konstrukcją, wykonaną z polichromowanego kamienia z Subasio. Górną część fasady pokrywa fresk (ułaskawienie z Asyżu) autorstwa Friedricha Overbecka z Lubeki (1829). Po prawej stronie znajdują się pozostałości dwóch XV-wiecznych fresków z wpływami Sieneńskimi: Madonna z Dzieciątkiem między św. Franciszkiem a Św. Bernardynem. Z tyłu znajduje się fresk Perugina, którego górna część zaginęła. Wnętrze (kołatki do drzwi pochodzą z XV wieku) ma sklepienie krzyżowo-żebrowe, nieco zaciemnione przez dym z lamp; przy ołtarzu Zwiastowanie i opowieści o przebaczeniu, duży panel autorstwa Ilario da Viterbo (1393), który wykonał również fresk na sklepieniu z ewangelistami; na lewej ścianie znajduje się fresk Imago Pietatis.
