Fondé en 1917 sous le nom de "Musée civique du Risorgimento", le Musée de la ville a été créé à un moment très critique, tant sur le plan militaire que social, pour la poursuite de la Première Guerre mondiale, avec l'objectif déclaré, sur le plan éducatif, de "créer même dans les jeunes générations l'idée de la patrie".
Suite à un projet culturel d'Antonio Locatelli et Locatelli Milesi, en 1933, le Museo del Risorgimento e Lapidario, hébergé par l'Université depuis son ouverture en 1917, a été transféré et réorganisé dans le bâtiment des artilleurs vénitiens à l'intérieur du donjon. Parmi les principales innovations, l'accent est mis sur les événements et les personnalités locales, une section consacrée à la Première Guerre mondiale, présentée comme la clôture du Risorgimento, mais surtout la vision fasciste de l'histoire : les guerres coloniales comme reconstitution de l'Empire romain et nécessité historique pour l'Italie, la guerre comme "lavacro" pour le peuple italien, le Risorgimento dans sa dimension mythopoïétique, héroïsée et loin de la dimension sociale.
La rénovation du Musée de Bergame en 1959 ne s'écarte pas des thèmes de sa fondation, avec la précédente ligne patriotique-célébrative attentive à la sphère locale, dans laquelle émerge cependant la Résistance, interprétée comme une lutte laïque contre la prétendue bestialité germanique, tandis que la période fasciste de vingt ans est absente, si l'on exclut les guerres coloniales et une section dédiée à Antonio Locatelli.
En 1997, après vingt ans de fermeture, il a rouvert sous le nom de "Musée historique de la ville de Bergame" au Couvent de San Francesco, avec un aménagement provisoire redéfini le 7 mai 2004 à l'occasion du transfert au siège restauré de la Rocca et d'un nouveau changement de nom, dû à l'attention portée à l'ensemble du territoire orobique : Musée historique de Bergame.
En 2014, à l'occasion d'un renouvellement important de l'itinéraire d'exposition et des collections, le musée rouvre au public et porte le nom de Mauro Gelfi, directeur de 1997 à 2010.
