Le Grand Conseil de la ville a fondé le Musée archéologique en 1561. En 1800, la collection de pierres tombales romaines s'est enrichie de celles de P. Vimercati Sozzi et de G. Mantovani, puis des découvertes de la Surintendance archéologique de Lombardie. La section préhistorique comprend des pièces allant du néolithique à l'âge du fer sur le territoire de Bergame. Les urnes cinéraires du cimetière de Golasecca à Brembate di Sotto sont particulièrement importantes. Plusieurs pièces provenant de sites funéraires sont des artefacts gaulois et des objets de la culture romaine. La section lapidaire montre des pierres tombales romaines qui témoignent de la présence de familles celtiques indigènes et de citoyens romains qui s'étaient déplacés vers le nord. Dans la section consacrée à la ville, l'histoire de Bergame est racontée, de la colonie protohistorique de Golasecca à l'hôtel de ville romain. Les fresques trouvées dans une domus peuvent être datées entre la fin du 1er et le 2e siècle après J.-C. Les statues attirent l'attention pour leur grande qualité et leur ancienneté (1er siècle avant J.-C.). La section du début du Moyen Âge montre des pièces gothiques et lombardes, dont un remarquable arsenal de guerriers. Certaines croix en feuille d'or sont d'excellentes œuvres d'art.
