Mănăstirea San Domenico Maggiore, care formează cu biserica un complex de proporții grandioase, este rezultatul secolelor de stratificare care au început în 1227, când Papa Grigore al IX-lea a trimis la Napoli un mic grup de dominicani care s-au stabilit în vechea mănăstire San Michele Arcangelo din Morfisa. Toma d'Aquino a stat în mănăstire între 1272 și 1274 și a predat teologia în Studium-ul înființat acolo de Carol I de Anjou. În 1289, au început lucrările de renovare a mănăstirii. Organizarea, care de-a lungul secolelor s-a extins treptat până la o insulă de aproape patru ori mai mare decât rețeaua orașului antic, comparată de vizitatori de-a lungul timpului cu un adevărat oraș în oraș, a atins apogeul în urma lucrărilor promovate începând cu 1669 de către starețul Tommaso Ruffo al ducilor de Bagnara.Starețul Ruffo, care a cheltuit o mare parte din patrimoniul său personal pentru aceste lucrări, a dorit să protejeze anumite încăperi legate de istoria seculară a complexului, cum ar fi celula Sfântului Toma. Rezultatul lucrărilor care au continuat pe parcursul secolului al XVII-lea a fost o clădire de proporții maiestuoase, împărțită în trei brațe: dormitorul Sfântului Toma, noviciatul și dormitorul Maeștrilor, dispuse în jurul unei zone deschise desemnate ca grădină. Adiacent la dormitorul Sfântului Toma se aflau Refectoriul, Sala Capitulară și Biblioteca de la primul etaj. Arhitecții Bonaventura Presti, Francesco Antonio Picchiatti și Luigi Nauclerio s-au ocupat pe rând de această întreprindere monumentală. În prezent, mănăstirea este dezmembrată în mai multe zone: o parte este folosită de dominicani, o zonă la nivelul claustrului este ocupată de gimnaziul Virtus, o alta este ocupată pe trei niveluri de institutul școlar Casanova și, în sfârșit, cea mai importantă parte, care a găzduit sălile de clasă ale fostei Curți de Casație până în anii 1990, face obiectul lucrărilor actuale de restaurare.Restaurarea acestor spații mari, care adăposteau atât celulele de securitate, cât și sălile de judecată, cu crearea, în consecință, a unor mezanine, a unor plafoane false și a unor elemente de construcție incongruente, a avut ca scop reconstituirea caracteristicilor arhitecturale și spațiale originale și restabilirea legăturilor dintre încăperi și a caracteristicilor lor tipologice. O parte semnificativă a intervenției a vizat "pielea" decorativă a acestor spații monumentale, cu restaurarea ciclurilor picturale supraviețuitoare, a stucaturilor de la sfârșitul secolului al XVII-lea și a celulei Sfântului Toma, decorată în întregime în anii 1720, precum și a numeroase piese de mobilier, inclusiv a mașinii liturgice pentru carantină, un organism complex care poate constitui unul dintre cele mai atractive puncte ale viitoarei organizări muzeale a acestor spații. Proiectul, care a implicat o suprafață vastă de aproximativ 7.000 de metri pătrați, dintre care 4.000 de metri pătrați din fosta Curte de Casație, complet restaurată și refuncționalizată, și 3.000 de metri pătrați din aripa Institutului A Casanova, exclusiv consolidată, a implicat un grup de lucru numeros din partea Superintendenței Patrimoniului Arhitectural din Napoli și din provincia sa, cu aportul experienței unor consultanți externi calificați, pe o perioadă lungă de timp, punctată de două loturi succesive de lucrări începând cu anul 2000.Primul lot, demarat în 2000 și finalizat în 2002, a făcut parte din programul Polis - Musea, promovat de aceeași Superintendență pentru valorificarea clădirilor istorice napoletane, cu cofinanțare din partea Comunității Europene în cadrul fondurilor FEDR ale proiectului "Global Grant Ancient Centre of Naples". Cel de-al doilea lot, început în mai 2006 și finalizat în iulie 2011, a fost finanțat datorită Legii nr. 400, art. 1 "Intervenții asupra patrimoniului cultural" din 20.12.2000, în urma Acordului de program-cadru dintre Ministerul Patrimoniului și Activităților Culturale și Regiunea Campania.Mănăstirea a fost redeschisă publicului în mai 2012, datorită angajamentului comun al instituțiilor locale și centrale.