Ils se faufilent sous le sol de Rome, le long de la voie Appienne, dans une série de tunnels à l'aspect vraiment effrayant, couvrant une distance de plus de 25 km de tunnels répartis sur quatre niveaux et atteignant une profondeur de plus de 20 mètres. Selon la tradition, ils se prolongent encore sur 200 km sous terre dans le Latium. Lieux de sépulture, les catacombes sont également devenues des lieux de pèlerinage pour les premiers chrétiens persécutés par l'Empire romain. C'est un lieu chargé d'histoire, entouré d'une atmosphère magique, unique et précieuse. Un nombre inconnu de martyrs, 16 pontifes et de nombreuses personnes ordinaires ont été enterrés dans ces catacombes. Elles tirent leur nom du diacre saint Calliste qui, au début du IIIe siècle, fut chargé par le pape Zéphyrin d'administrer le cimetière. Les catacombes de saint Calliste devinrent ainsi le cimetière officiel de l'Église de Rome.
Deux petites basiliques à trois absides, appelées "Tricore", sont visibles dans le sous-sol. Dans celle de l'est, le pape saint Zéphyrin et le jeune martyr de l'Eucharistie, saint Tarcisius, ont probablement été enterrés.
Le cimetière souterrain se compose de plusieurs zones. La crypte des papes est le lieu le plus sacré et le plus important de ces catacombes, appelé "le petit Vatican" parce que neuf papes et probablement huit dignitaires de l'Église du IIIe siècle y ont été enterrés. Le long des murs se trouvent les inscriptions originales en grec de 5 papes. Sur quatre pierres tombales, à côté du nom du pontife, figure le titre d'"évêque", car le pape était considéré comme le chef de l'Église de Rome, et sur deux pierres tombales figure également l'abréviation grecque de "MPT" (martyr).
La crypte de Sainte-Cécile, la patronne populaire de la musique. D'une noble famille romaine, elle a été martyrisée au troisième siècle. Enterrée à l'endroit où se trouve aujourd'hui sa statue, elle a été vénérée ici pendant au moins cinq siècles. En 821, ses reliques ont été transportées dans la basilique qui lui est dédiée à Trastevere. La statue de Sainte-Cécile est une copie de la célèbre œuvre de Maderno, sculptée en 1599. La crypte était décorée de fresques et de mosaïques. Sur le mur à côté de la statue se trouve une ancienne image de Sainte Cécile, dans une attitude de prière ; en dessous, dans une petite niche, se trouve une représentation du Sauveur, tenant l'Évangile ; à côté, une peinture du pape martyr Saint Urbain. Sur l'un des murs de la lucarne se trouvent les figures de trois martyrs : Polycamus, Sebastian et Quirinus. Ce sont les noyaux les plus anciens (2e siècle).
En traversant d'imposantes galeries remplies de loculi, on arrive à cinq petites pièces, véritables tombeaux familiaux, appelées cubiculae des Sacrements et particulièrement importantes pour leurs fresques. Les fresques datent du début du IIIe siècle et représentent symboliquement les sacrements de Batesim et de l'Eucharistie. Le prophète Jonas, symbole de la résurrection, y est également représenté.
