La Chiesa di San Giovanni è adiacente al Municipio poiché originariamente era la chiesa associata al Convento delle Benedettine.
La facciata si presenta a tre ordini con una caratteristica ondulazione verticale tipica delle chiese del Val di Noto. Nel secondo ordine, vi è una gelosia in ferro battuto che richiama i balconi dei palazzetti circostanti. I lavori per l'attuale edificio iniziarono dopo il 1760 e furono diretti da Alberto Maria di San Giovanni Battista, mentre i disegni sono attribuiti a Vincenzo Sinatra; nel XIX secolo vi fu anche l'intervento di Salvatore Alì. L'interno ha una forma ovale, ma la pianta della chiesa è un esercizio di cerchi in cui si trovano la navata principale, il nartece e l'abside. Le pareti e la volta sono adornate da ricchi stucchi realizzati da Giovanni Gianforma, mentre l'affresco sulla volta raffigura San Benedetto. Molto suggestivo è il gioco di luci che si crea grazie alle finestre colorate poste in alto. Nel nartece, tre medaglioni opera di Giuseppe Sesta riproducono tre panorami urbani.
All'interno della Chiesa di San Giovanni è custodito uno dei quadri più significativi della città: il "Cristo di Burgos", noto anche come il Cristo in gonnella. Questo dipinto fu donato al Monastero dalla sua fondatrice, Donna Giovanna Di Stefano. Dopo accurate ricerche, grazie all'aiuto di uno storico dell'arte dell'Università di Burgos, si è potuto confermare l'autore: il quadro è di Juan de Palazín, pittore attivo tra la fine del Seicento e l'inizio del Settecento nella regione di Medina del Campo.
Si tratta di una rappresentazione rara in Italia, ma molto diffusa nella tradizione spagnola. Infatti, esiste una copia del dipinto attualmente custodita nell'eremo di "Nuestra Señora del Amparo" a Medina del Campo, una scultura conservata nella Cattedrale di Burgos e altre tele simili a quella importata in Sicilia, dipinte da diversi autori e presenti in tutta la Spagna.
La chiesa è ancora aperta al culto e ospita l'Addolorata di San Giovanni, una processione che richiama usi e costumi spagnoli, ed è anche sede del Sacrario dei caduti in guerra. Questo luogo sacro unisce la spiritualità, la storia e le tradizioni, rappresentando un importante punto di riferimento per la comunità locale.
