La Chiesa di San Matteo, che i Doria fecero costruire come propria cappella gentilizia, si affaccia sulla piccola Piazza San Matteo a Genova.Con la ristrutturazione cinquecentesca l'interno, a tre navate, ha perso quasi completamente il carattere gotico originario, del quale restano solo i quattro archi ogivali alla base della cupola, sostenuti da due pilastri verso il presbiterio e due colonne verso le navate. La navata centrale è separata da quelle laterali da colonne. La cantoria, l'altare con trofei, i due pulpiti e le urne del presbiterio sono attribuiti a Silvio Cosini e Giovanni Angelo Montorsoli. Tutte le decorazioni presenti sono riconducibili alla ristrutturazione cinquecentesca. Nella volta della navata centrale si trovano il Miracolo del dragone d'Etiopia di Luca Cambiaso e la Vocazione di San Matteo di Giovanni Battista Castello. Sull'altare alla destra del maggiore è collocato un dipinto della Sacra Famiglia con Sant'Anna di Bernardo Castello, del XVI secolo; in quello di sinistra, Cristo tra i Santi e i Donatori di Andrea Semino. Alle pareti del presbiterio si trovano le arche in marmo dei santi Pelagio e Massimo, patroni di Cittanova, in Istria, le cui reliquie sarebbero state trasportate a Genova da Gaspare Spinola nel 1381. Sotto all'altare maggiore è conservata una spada appartenuta al "Padre della Patria" Andrea Doria, donatagli secondo la tradizione dal pontefice Paolo III. In una nicchia della navata sinistra si trova una Deposizione di Gesù nel sepolcro, scultura lignea policroma di Anton Maria Maragliano, mentre le statue nelle nicchie dell'abside (Pietà, di ispirazione michelangiolesca, Davide, Geremia, S. Giovanni Battista, e Sant'Andrea) sono opera del Montorsoli, al quale si deve anche la cripta sotto il coro, con la volta in stucchi dorati, alla quale si accede per una scala in marmo, che ospita la tomba di Andrea Doria, anch'essa opera dello stesso artista.
