Zapravo, Civita di Bagnoregio stoji na vrlo nesigurnom tlu, smještenom na ploči od tufa i prijeti urušavanje jer su ogromne glinene obale koje ga podupiru podložne kontinuiranoj eroziji.BALNEUM REGIS se prvi put pojavljuje 599./600. godine u pismu pape Grgura Velikog upućenom biskupu Chiusija Ecclesiju. Ne postoje prethodni dokumenti koji potvrđuju toponim ili drugo ime. Balneum regis je toponim gotsko-langobardskog podrijetla, koji definira kraljevski posjed. Povezanost s toplinskim kompleksom o kojoj postoje ograničeni dokazi nije nevjerojatna.Prvi sigurni povijesni podaci o Bagnoregiju, odnosno Bagnorei, to mu je najstariji naziv, potječu iz 6. stoljeća nove ere. kada se spominje među talijanskim biskupskim sjedištima. Međutim, sigurno je da je Bagnoregio nakon pada Rimskog Carstva prvo pao pod vlast Gota, zatim Langobarda, da bi ga Karlo Veliki predao papinstvu zajedno s preostalim dijelom baštine S. Pietra u Tuscii. Nakon franačkog osvajanja u obnašanju vlasti izmjenjuju se nizovi feudalaca, valja spomenuti Monaldeske koji su kasnije postali gospodari Orvieta.U 12. stoljeću postaje slobodna općina, doživljava razdoblje procvata i kulturno-umjetničke živosti. No, prijetnja od obližnjeg i moćnog Orvieta ostala je prijetiti u političkoj orbiti u koju se Bagnoregio svakako mora smjestiti u ovo razdoblje. Ponekad su odnosi između dvaju gradova postajali ogorčeni i sukobljeni, pa su čak i pogranična središta bila uvučena u borbe. No, iako je bila uključena u ratove i pokušaje zauzimanja Bagnoregija, uspjela je zadržati relativnu autonomiju.Strašna epidemija kuge 1348. (ona koju u Dekameronu pripovijeda Boccaccio) pretvorila je grad u sjenu samog sebe, priča se da je u jednom danu umrlo više od 500 ljudi. Godine 1494. Bagnoresi su uspjeli uništiti dobro opremljenu utvrdu Monaldeschi della Cervara kako bi se definitivno oslobodili opasnosti od povratka omraženih tirana.Godine 1494. Bagnorese se hrabro usprotivio ulasku u grad francuskog kralja Karla VIII., koji je sa svojom vojskom bio upućen na Napulj da ga zauzme. Ipak, papa Aleksandar VI Borgia nije odao zahvalnost herojskom činu, koji je dvije godine kasnije zadao težak udarac ponosnom osjećaju društvene slobode uvođenjem režima kardinala-guvernera koji je trajao do 1612., godine u kojoj je Bagnoregio pao pod vlast pod kontrolom Apostolske delegacije Viterba koja se obvezala poštivati drevne općinske statute iz 1367. Život Bagnorese zajednice tekao je mirno, uznemiren više prirodnim i geološkim promjenama njihova grada, a ne političkim ili vojnim događajima. Tek 1867. dolazi do vojnog trzaja kada dolazi do prvog žestokog sukoba između papinskih milicija i Garibaldijevih dobrovoljaca koji povijest pamti kao "Bitka kod Bagnoree". Godine 1870. Bagnoregio je konačno postao dio Kraljevine Italije.Civita di Bagnoregio je mjesto gdje je uhvaćen misteriozan i tajanstven šarm. Ostaci koji još nisu protumačeni, ogromna mreža podzemnih tunela, sam njegov geografski položaj potaknuli su, čak iu novije vrijeme, analize i hipoteze o njegovom podrijetlu i obredima do identificiranja jedne od mogućih lokacija Fanum Voltumne, svetišta etruščanski narod.