Iš tiesų Civita di Bagnoregio stovi ant labai nestabilios žemės, ant tufo plynaukštės, kuriai gresia pavojus sugriūti, nes didžiuliai moliniai krantai, ant kurių ji stovi, yra nuolat veikiami erozijos.BALNEUM REGIS pirmą kartą pasirodo 599/600 m. popiežiaus Grigaliaus Didžiojo laiške, adresuotame Chiusi vyskupui Ecclesio. Jokių ankstesnių dokumentų, liudijančių šį ar kitą toponimą, nėra. Balneum regis yra gotų-lomgobardų kilmės toponimas, apibrėžiantis karališkąją nuosavybę. Sąsaja su kurortiniu kompleksu, apie kurį yra mažai įrodymų, nėra neįtikėtina.Pirmoji tikra istorinė informacija apie Bagnoregio, tiksliau Bagnorea, tai seniausias jo pavadinimas, yra iš VI mūsų eros amžiaus, kai jis minimas tarp Italijos vyskupijų. Tačiau neabejotina, kad po Romos imperijos žlugimo Bagnoregio iš pradžių pateko gotų, vėliau - lombardų valdžion, o galiausiai Karolis Didysis jį kartu su likusia Šventojo Petro paveldo dalimi Toskijoje perdavė popiežiui. Po frankų užkariavimo valdžioje keitėsi keli feodalai, tarp jų Monaldešiai, kurie vėliau tapo Orvjeto valdovais.XII a. miestas tapo laisva komuna ir išgyveno klestėjimo bei kultūrinio ir meninio gyvybingumo laikotarpį. Tačiau Bagnoregio, kurio politinėje orbitoje šiuo laikotarpiu neabejotinai turėjo atsidurti netoliese esantis galingasis Orvjetas, vis dar kėlė grėsmę. Kartais abiejų miestų santykiai tapdavo aštrūs ir konfliktiški, į kovą buvo įtraukti net kaimyniniai centrai. Vis dėlto, nors ir dalyvaudamas karuose ir bandymuose užimti miestą, Bagnoregio sugebėjo išlaikyti santykinę autonomiją.Baisi 1348 m. maro epidemija (apie kurią pasakojama Boccaccio "Dekamerone") pavertė miestą buvusio savęs šešėliu; teigiama, kad per vieną dieną mirė daugiau kaip 500 žmonių. 1494 m. Bagnoresi pavyko sugriauti įtvirtintą Monaldeschi della Cervara tvirtovę ir galutinai išsivaduoti nuo pavojaus, kad sugrįš nekenčiami tironai.1494 m. Bagnoresi drąsiai pasipriešino Prancūzijos karaliaus Karolio VIII, kuris su savo kariuomene vyko į Neapolį jo užimti, įžengimui į miestą. Tačiau šis didvyriškas poelgis nesulaukė jokio popiežiaus Aleksandro VI Bordžijos pripažinimo, kuris po dvejų metų sudavė smūgį išdidžioms bendruomenių laisvės nuotaikoms, įvesdamas kardinolų gubernatorių režimą, trukusį iki 1612 m., kai Bagnoregio perėjo Viterbo apaštališkosios delegacijos, įsipareigojusios laikytis senųjų 1367 m. bendruomenių įstatų, kontrolėn. Bagnoregio bendruomenės gyvenimas tekėjo ramiai, jį labiau trikdė ne politiniai įvykiai ar karo veiksmai, o gamtinės ir geologinės miesto permainos. Tik 1867 m. įvyko karinis sukrėtimas, kai įvyko pirmasis smurtinis popiežiaus milicijos ir Garibaldžio savanorių susirėmimas, kurį istorija mena kaip "Bagnoregio mūšį". 1870 m. Bagnoregio galutinai tapo Italijos karalystės dalimi.Civita di Bagnoregio - paslaptingą žavesį turinti vieta. Dar neišaiškintos liekanos, didžiulis požeminių tunelių tinklas ir pati geografinė padėtis net ir pastaruoju metu paskatino analizes ir hipotezes apie jos kilmę ir ritualus, todėl ji laikoma viena iš galimų etruskų tautos šventovės Fanum Voltumne vietų.