Patiesībā Civita di Bagnoregio atrodas uz ļoti nestabila pamata, uz tufa plato, un tai draud sabrukums, jo plašie mālainie krasti, kas to atbalsta, ir pakļauti nepārtrauktai erozijai.BALNEUM REGIS pirmo reizi parādās 599./600. gadā pāvesta Gregora Lielā vēstulē, kas adresēta Chiusi bīskapam Ecclesio. Nav iepriekšēju dokumentu, kas apliecinātu šo toponīmu vai kādu citu nosaukumu. Balneum regis ir gotiski-lomgobardu izcelsmes toponīms, kas apzīmē karaļa īpašumu. Saikne ar kūrorta kompleksu, par kuru nav daudz pierādījumu, nav maz ticama.Pirmās drošās vēsturiskās ziņas par Bagnoregio jeb drīzāk Bagnorea, kas ir tā senākais nosaukums, datējamas ar 6. gadsimtu pēc Kristus, kad tas minēts starp Itālijas bīskapijas pilsētām. Tomēr ir droši zināms, ka pēc Romas impērijas sabrukuma Bagnoregio vispirms nonāca gotu un vēlāk langobardu varā, un visbeidzot Kārlis Lielais to nodeva pāvesta valdījumā kopā ar atlikušo Svētā Pētera mantojuma daļu Toscijā. Pēc franku iekarošanas varu īstenoja vairāki feodāļi, tostarp Monaldeschi, kas vēlāk kļuva par Orvieto kungiem.12. gadsimtā tā kļuva par brīvu komūnu, piedzīvojot uzplaukuma un kultūras un mākslas vitalitātes periodu. Tomēr joprojām pastāvēja draudi no netālu esošās spēcīgās Orvieto, kuras politiskajā orbītā Bagnoregio noteikti jāiekļauj šajā periodā. Brīžiem abu pilsētu attiecības kļuva asas un konfliktējošas, un cīņās tika iesaistīti pat kaimiņu centri. Tomēr, lai gan Bagnoregio bija iesaistīta karos un okupācijas mēģinājumos, tā spēja saglabāt relatīvu autonomiju.Briesmīgā 1348. gada mēra epidēmija (par kuru stāstīts Boccaccio "Dekameronā") padarīja pilsētu par sava agrāko ēnu; runā, ka vienas dienas laikā miruši vairāk nekā 500 cilvēku. 1494. gadā bagnoresi izdevās sagraut Monaldeschi della Cervara nocietināto cietoksni, lai galīgi atbrīvotos no briesmām, ko radīja naidīgo tirānu atgriešanās.1494. gadā bagnoresi drosmīgi pretojās Francijas karaļa Kārļa VIII ieiešanai pilsētā, kurš ar savu armiju bija ceļā uz Neapoli, lai to ieņemtu. Tomēr šī varonīgā rīcība nesaņēma nekādu atzinību no pāvesta Aleksandra VI Borgia, kurš divus gadus vēlāk sniedza triecienu lepnajam komunālās brīvības noskaņojumam, ieviešot kardinālu-gubernatoru režīmu, kas ilga līdz 1612. gadam, kad Bagnoregio nonāca Viterbo apustuliskās delegācijas kontrolē, kura apņēmās ievērot 1367. gada senos komunālos statūtus. Bagnoregio kopienas dzīve ritēja mierīgi, un to vairāk satrauca pilsētas dabas un ģeoloģiskie pavērsieni, nevis politiski notikumi vai kara darbība. Tikai 1867. gadā notika militāri satricinājumi, kad notika pirmā vardarbīgā sadursme starp pāvesta miliciju un Garibaldi brīvprātīgajiem, ko vēsture atceras kā "Bagnorea kauju". 1870. gadā Bagnoregio beidzot kļuva par Itālijas Karalistes sastāvdaļu.Civita di Bagnoregio ir vieta ar noslēpumainu šarmu. Līdz šim neinterpretētas paliekas, plašs pazemes tuneļu tīkls un ģeogrāfiskais novietojums pat nesenā pagātnē ir rosinājuši analīzes un hipotēzes par tās izcelsmi un rituāliem, līdz pat tam, ka tā tiek identificēta kā viena no iespējamām etrusku tautas svētvietām Fanum Voltumne.