Civita di Bagnoregio totiž stojí na velmi nejistém místě, na tufové plošině, kde hrozí zřícení, protože rozsáhlé hliněné břehy, které ji podpírají, podléhají neustálé erozi.BALNEUM REGIS se poprvé objevuje v roce 599/600 v dopise papeže Řehoře Velikého adresovaném biskupovi z Chiusi Ecclesio. Neexistují žádné starší doklady, které by toto toponymum nebo jiný název dokládaly. Balneum regis je toponymum gótsko-lomgobardského původu, které vymezuje královský majetek. Souvislost s lázeňským komplexem, o němž existuje jen málo dokladů, není nepravděpodobná.První jistá historická zpráva o Bagnoregiu, či spíše Bagnorea, to je jeho nejstarší název, pochází ze 6. století n. l., kdy je zmiňováno mezi italskými biskupskými sídly. Jisté však je, že po pádu Římské říše se Bagnoregio dostalo nejprve pod nadvládu Gótů, později Lombardů a nakonec je Karel Veliký spolu se zbývající částí patrimonia svatého Petra v Toskánsku daroval papežství. Po dobytí Franky se ve výkonu moci vystřídala řada feudálů, mezi nimi i Monaldeschiové, kteří se později stali pány Orvieta.Ve 12. století se město stalo svobodnou obcí a zažilo období prosperity a kulturní a umělecké vitality. Nepřítomná však zůstávala hrozba nedalekého mocného Orvieta, do jehož politického orbitu je Bagnoregio v tomto období jistě třeba zařadit. Vztahy mezi oběma městy byly občas vyhrocené a konfliktní a do bojů byla zatažena i sousední centra. I když se však Bagnoregio účastnilo válek a pokusů o okupaci, dokázalo si udržet relativní autonomii.Strašlivá morová epidemie v roce 1348 (o níž vypráví Boccacciův Dekameron) proměnila město ve stín jeho dřívějšího já; uvádí se, že během jediného dne zemřelo více než 500 lidí. V roce 1494 se Bagnoresi podařilo zničit opevněnou pevnost Monaldeschi della Cervara, aby se definitivně zbavili nebezpečí návratu nenáviděných tyranů.V roce 1494 se Bagnoresi statečně postavili proti vstupu francouzského krále Karla VIII. do města, který se chystal se svým vojskem obsadit Neapol. Tento hrdinský čin se však nesetkal s žádným uznáním ze strany papeže Alexandra VI Borgii, který o dva roky později zasadil hrdému pocitu komunální svobody ránu zavedením režimu kardinálských guvernérů, který trval až do roku 1612, kdy Bagnoregio přešlo pod kontrolu apoštolské delegace z Viterba, která se zavázala respektovat starobylé komunální stanovy z roku 1367. Život bagnoregijské komunity plynul klidně a byl narušován spíše přírodními a geologickými proměnami města než politickými událostmi nebo válečnými akcemi. Teprve v roce 1867 došlo k vojenským otřesům, když se odehrál první násilný střet mezi papežskou milicí a Garibaldiho dobrovolníky, který si historie pamatuje jako "bitvu u Bagnorea". V roce 1870 se Bagnoregio definitivně stalo součástí Italského království.Civita di Bagnoregio je místo s tajemným kouzlem. Dosud neinterpretované pozůstatky, rozsáhlá síť podzemních tunelů a samotná geografická poloha daly i v nedávné době podnět k analýzám a hypotézám o jeho původu a rituálech, a to až do té míry, že bylo označeno za jedno z možných míst Fanum Voltumne, svatyně etruského národa.