Dal 2011 l'intero Complesso fa parte del sito “Longobardi in Italia: i luoghi del potere”, iscritto alla Lista dei patrimoni dell'Umanità siglata dall'UNESCO. I monumenti cominciarono a svilupparsi attorno alla chiesa, che risale al 760, magnifica testimonianza dall'arte architettonica e scultorea dei Longobardi. Il monastero benedettino venne costruito poco tempo dopo mentre altre modifiche si progettarono dopo il 1119: vennero aggiunti il campanile romanico e altri elementi del medesimo stile, come le colonne e i bassorilievi. Le aggiunte medievali crollarono attorno al 1700 a causa dei terremoti e la chiesa venne ricostruita in stile barocco e ampliata notevolmente.
La Fontana creata nel 1806, fu progettata dall' architetto Nicola Colle De Vita, è costituita da una vasca circolare al cui centro si erge un obelisco, sulla schiena di quattro leoni dalla cui bocca sgorga l'acqua. L'obelisco era sormontato da un globo con sopra l'aquila imperiale, emblema della Francia napoleonica, in bronzo.
Il primo campanile fu costruito da Gregorio II, abate di Santa Sofia tra il 1038 ed il 1056, sotto il principato di Pandolfo III, come si legge da un'epigrafe, in una lapide incastrata nella parete meridionale di quello attuale, e proteggeva il sepolcro di Arechi II. Crollò con il terremoto del 5 giugno 1688, rovinando sull'atrio monumentale costruito nel Millecento. Il nuovo campanile fu ricostruito nel 1703, in una posizione diversa da quella originale, nell'ambito delle mura che allora recingevano il convento e il giardino. Nel 1915 rischiò di essere abbattuto dall'amministrazione comunale, che lo riteneva un ingombro inutile, e non affatto un'opera d'arte da conservarsi; ma Corrado Ricci si adoperò presso il ministero competente affinché non venisse compiuta tale opera di distruzione. Il chiostro di Santa Sofia, voluto dall’abate Giovanni IV, risale alla metà del XII secolo ed è a pianta quadrangolare, eccetto uno spigolo rientrante nell’angolo nord-occidentale. Esso è costituito da ampie arcate sorrette da un totale di 47 colonne di granito, calcare e alabastro, tra le quali si aprono delle quadrifore con archi a ferro di cavallo. Sui capitelli ed i pulvini sono raffigurate scene di grande varietà e vari ne sono gli esecutori materiali. Solamente un capitello raffigura scene dell’infanzia del Cristo. Cinque sono dedicate al ciclo dei mesi, con relative scritte esplicative. Un’altra categoria contiene scene di caccia e di lotte tra uomini e animali. Ci sono anche scene di combattimento tra cavalieri, scolpite con stili assai diversi. Vi sono poi centauri ed altri animali fantastici. Altri soggetti evidenziano il richiamo ai vizi della natura umana, in particolare l’ira e la lussuria. Rari i temi biblici, come il simbolo del Tetramorfo o di San Michele che trafigge il Drago. Gli archi delle aperture sono a sesto ribassato, di gusto moresco. Esse sostengono l’ampia terrazza soprastante, su cui si aprono le stanze dell’ex monastero, oggi sale del Museo del Sannio.
Il monastero fu un centro culturale di prim’ordine, al punto che intorno all’anno Mille esso poté annoverare ben 32 dottori delle arti liberali.
