L'histoire de l'église de Santa Maria la Nova est liée aux premiers mouvements conventuels. La première communauté franciscaine de Naples (1216) s'est installée sur les ruines d'une villa romaine, fondant Santa Maria ad Palatium sur le site où s'élèvera plus tard Castel Nuovo. Lorsque Carius Ier d'Anjou confisqua la zone et donna aux franciscains un autre terrain sur lequel construire le nouveau monastère, le site actuel fut construit et prit le nom de Santa Maria La Nova (1279).
L'aspect actuel du bâtiment est celui du 16ème siècle, ayant été reconstruit par Giovanni Cola di Franco (1596-1599). L'intérieur, enrichi à différentes époques, est dominé par le plafond, autre exemple, après San Gregorio Armeno, de charpente en bois, sculptée et dorée, dans lequel sont encastrés quarante-six panneaux, peints de 1598 à 1603. On peut également voir sur la façade la chapelle de San Giacomo della Marca, peinte à fresque par Massimo Stanzione avec des scènes de la vie du Saint (c. 1644-1646). Le couvent possède un réfectoire et deux cloîtres, dont le plus petit a été peint à fresque dans la première moitié du XVIIe siècle avec des motifs grotesques et des scènes de la vie de Saint Jacques des Marches.
