Los frescos que decoran la Cripta de Epifanio se encuentran entre los testimonios más importantes de la pintura europea altomedieval, por su calidad técnica y formal, la complejidad de los temas representados y su excelente estado de conservación. Las representaciones comienzan con la imagen de una mano extendida, sobre la ventana del brazo norte, que simboliza la mano del Padre Eterno, aludiendo al origen sobrenatural de la luz, vehículo de la revelación de la Verdad. En el muro este, se narra la Encarnación del Verbo en Cristo, la renovación de la alianza con el hombre que permite su salvación (la Anunciación; el embarazo de María; la natividad; el lavado de Cristo; la Crucifixión, bajo la cual se representa al abad Epifanio; la visita de las Pías Mujeres al Santo Sepulcro y dentro de una hornacina a Cristo, San Lorenzo y San Esteban). A la derecha del brazo oriental está la representación de María Reina sentada en un trono, vestida como una emperatriz bizantina. Sostiene al niño Jesús en sus brazos, sosteniendo el rollo de la ley que renueva el pacto de alianza entre Dios y el hombre. A los pies de las figuras hay figuras no identificadas. En el muro oeste se representa el testimonio de aquellos que decidieron creer en Jesús aceptando el martirio. El grupo de representaciones comienza con el descenso de Cristo al Limbo, pintado en la bóveda sobre la entrada, seguido por, en la pared: una teoría de santos en el acto de ofrecer a Cristo la corona enjoyada, símbolo de su martirio, y, más allá del ábside central, los suplicios de San Lorenzo y San Esteban, separados por un nicho con la representación de un diácono orante. La narración alcanza su punto álgido en el ábside, donde se representan algunos elementos de las visiones que tuvo Juan el Evangelista y que se recogen en el Apocalipsis (los cuatro ángeles en los cuatro ángulos de la tierra para contener los vientos y el quinto ángel, quizá el propio Cristo, subiendo desde Oriente con el sello del Dios vivo). Sobre la figura del quinto ángel está de nuevo María Reina, sentada en un trono, en sus manos sostiene un libro abierto con los primeros versos del "Magnificat" con el que agradece a Dios su milagrosa maternidad. Su posición podría aludir a su papel de mediadora entre el Dios juez y la humanidad. Debajo de los pies del quinto ángel también hay rastros de una pequeña figura genuflexa, que las letras conservadas de la inscripción permiten identificar con un obispo "episc[opus]", probable comisionado de la obra. En el centro se encuentra la imagen de Cristo Pantocrátor en el punto de intersección de los brazos. La banda decorativa que recorre la parte inferior de los muros reproduce los motivos de las telas que colgaban en las paredes de las iglesias; en particular, frente a la entrada, se representa un nudo apotropaico que servía para alejar las fuerzas del mal. Por último, en el ábside hay reproducciones de pelícanos que, en la simbología cristiana, son una metáfora del sacrificio de Cristo en la Última Cena, porque para alimentar a sus crías se rasgan la piel ofreciendo su propia sangre.