Cripta San Magno a fost construită de episcopul Pietro da Salerno în același timp cu Catedrala între 1072 și 1104. A fost pentru a servi ca un piept de comori pentru păstrarea a tot ceea ce o catedrală are cel mai sacru: moaștele sfinților. Sala are trei nave în raport cu cele ale Bisericii superioare și trei abside. Cele douăsprezece coloane identifică de douăzeci și una de ori care, cu pereții respectivi, sunt decorați de un ciclu pictural de o frumusețe excepțională care spune povestea mântuirii omului, de la creația sa până la sfârșitul timpului. Frescele sunt atribuite a trei ateliere de artiști anonimi cunoscuți ca primul maestru al Anagni sau Maestru al traducerilor, al doilea maestru al Anagni sau Maestru Ornatist și al treilea maestru al Anagni. Din motive stilistice și istorice, frescele criptei sunt plasate între sfârșitul secolului al XII-lea și prima jumătate a secolului al XIII-lea.
