De oude stad Gnathia, Geciteerd door klassieke auteurs voor zijn bevoorrechte geografische positie, was een commerciële haven strategische verbinding tussen het Oosten en het Westen.De eerste nederzetting werd gebouwd in de XVI eeuw.C. en het had continuïteit van het leven tot de ijzertijd, toen het hele grondgebied van Puglia werd bewoond door de Iapigi. Rond het einde van de zesde eeuw. Egnazia stond bekend als een nederzetting van Messapia, wat overeenkomt met de huidige provincies Brindisi en Lecce. Uit de derde eeuw. BC, met de Romeinse aanwezigheid in het gebied, werd de stad getransformeerd en in de eerste eeuw. a. C. verwierf de gemeentelijke status, die van groot belang werd door de aanwezigheid van de haven en de Via Traiana. Sinds de zesde eeuw. Het onderste deel van de stad werd geleidelijk verlaten en de toe-eigening ging door op de Acropolis, tot de dertiende eeuw.Vanaf de messapische fase van Egnazia blijven de krachtige verdedigingsmuren en necropolissen, met pit, semi-kamer graven en monumentale kamer graven. Van de Romeinse stad kunt u de overblijfselen van de Via Traiana bewonderen, de civiele Basiliek met de hal van de drie genaden, de Sacello delle divinità orientali, het porticata plein, de cryptoportico en de thermische baden. Onder de gebouwen van de christelijke aanbidding, geboren tussen de IV en de VI eeuw. A. D., de bisschoppelijke Basiliek met de baptisterie en de Zuidelijke Basiliek, oorspronkelijk geplaveid met mosaici.Il museum, gebouwd in 1975 buiten de muren van het oude Gnathia, aan de rand van de westerse necropolis, heeft sinds 1981 een reeks tijdelijke tentoonstellingen georganiseerd, die ook een didactische tentoonstelling over 'Egnazia, geschiedenis en monumenten'houden. De huidige lay-out, gelegen op de mezzanine verdieping waar ook de beheers-en Secretariaatskantoren zijn gevestigd, werd ingehuldigd in juli 2013. De tentoonstelling, verdeeld in 7 secties, vertelt de verhalen die kenmerkend zijn voor het archeologisch onderzoek in Egnazia en de historische evolutie van de site sinds de zestiende eeuw. B. C. tot de XIII eeuw na Christus, tijdperk van verlatenheid. De vondsten en beelden illustreren de eigenaardigheden die kenmerkend waren voor de eerste nederzetting van hutten in de Bronstijd, de invloed van de iapigiaanse en Messapiaanse cultuur, de Romeinse en vroege christelijke fasen, waarbij de stad een bisdom werd. De laatste sectie verzamelt getuigenissen met betrekking tot de Lombard aanwezigheid en de laatste sporen van frequentatie van het gebied. De vondsten zijn afkomstig van opgravingen in het dorp en in de necropolis van Egnazia, maar ook van de territory.In de fundering van het museum is ook opgenomen in een messapic chamber tombe van de vierde eeuw. BC, de zogenaamde granaatappel Tombe.