L'église de San Francesco a été fondée vers le milieu du XIIIe siècle par saint François, qui séjournait alors à Massa Marittima pour promouvoir la formation d'un premier groupe de frères de l'ordre. La structure de l'église, annexée à un couvent, est extrêmement simple, de style gothique avec une seule nef et des arcs de soutien ogivaux et était à l'origine située à l'intérieur des murs de la ville. L'extérieur était caractérisé par de grandes fenêtres en forme de lancette. L'église a subi de nombreuses reconstructions, principalement en raison de l'affaissement du sol provoqué par les tremblements de terre. La nef a été réduite en 1529 et à plusieurs reprises aux XVIIIe et XIXe siècles. Aujourd'hui, de la structure originale, il ne reste qu'une partie de l'abside et une partie de la nef, tandis qu'à l'intérieur se trouve le sépulcre de Bindoccio, fils de Margherita Aldobrandeschi et de Nello Pannocchieschi (marié en premier mariage à Pia dei Tolomei). Près des trois autels, on trouve des peintures du XVIIe siècle de Raffaello Vanni.
