Die Fresken in der Epiphanius-Krypta gehören aufgrund ihrer technischen und formalen Qualität, der Komplexität der dargestellten Themen und ihres hervorragenden Erhaltungszustandes zu den wichtigsten Zeugnissen der frühmittelalterlichen europäischen Malerei. Die Darstellungen beginnen mit dem Bild einer ausgestreckten Hand über dem Fenster des nördlichen Arms, die die Hand des Ewigen Vaters symbolisiert und auf den übernatürlichen Ursprung des Lichts, dem Träger der Offenbarung der Wahrheit, anspielt. An der Ostwand wird die Menschwerdung des Wortes in Christus dargestellt, die Erneuerung des Bundes mit dem Menschen, die seine Erlösung ermöglicht (Verkündigung; Schwangerschaft Marias; Geburt; Waschung Christi; Kreuzigung, unter der Abt Epiphanius dargestellt ist; Besuch der frommen Frauen am Heiligen Grab und in einer Nische Christus, der Heilige Laurentius und der Heilige Stephanus). Auf der rechten Seite des östlichen Arms befindet sich die Darstellung der Königin Maria, die auf einem Thron sitzt und wie eine byzantinische Kaiserin gekleidet ist. Sie hält das Jesuskind in ihren Armen und hält die Schriftrolle des Gesetzes, das den Bund zwischen Gott und den Menschen erneuert. Zu den Füßen der Figuren befinden sich nicht identifizierte Figuren. Die Westwand zeigt das Zeugnis derer, die sich für den Glauben an Jesus entschieden und das Martyrium auf sich genommen haben. Die Gruppe der Darstellungen beginnt mit dem Abstieg Christi in die Vorhölle, der im Gewölbe über dem Eingang gemalt ist, gefolgt von einer Theorie der Heiligen, die Christus die juwelenbesetzte Krone, das Symbol ihres Martyriums, darbringen, und jenseits der zentralen Apsis die Folterungen des Heiligen Laurentius und des Heiligen Stephanus, die durch eine Nische mit der Darstellung eines betenden Diakons getrennt sind. Die Erzählung erreicht ihren Höhepunkt in der Apsis, wo einige Elemente der Visionen, die der Evangelist Johannes hatte und die in der Offenbarung aufgezeichnet sind, dargestellt werden (die vier Engel an den vier Ecken der Erde, um die Winde zurückzuhalten, und der fünfte Engel, vielleicht Christus selbst, der sich mit dem Siegel des lebendigen Gottes aus dem Osten erhebt). Über der Figur des fünften Engels ist wiederum Maria, die Königin, auf einem Thron sitzend, zu sehen. In ihren Händen hält sie ein aufgeschlagenes Buch mit den ersten Versen des "Magnificat", mit denen sie Gott für ihre wunderbare Mutterschaft dankt. Ihre Stellung könnte auf ihre Rolle als Mittlerin zwischen Gott, dem Richter, und der Menschheit anspielen. Unter den Füßen des fünften Engels finden sich auch Spuren einer kleinen, gebeugten Figur, die man anhand der erhaltenen Buchstaben der Inschrift mit einem "episc[opus]"-Bischof, dem wahrscheinlichen Auftraggeber des Werks, identifizieren kann. Im Mittelpunkt steht die Darstellung des Christus Pantokrator an der Kreuzung der Arme. Das dekorative Band, das sich am unteren Teil der Wände entlangzieht, reproduziert die Motive der Stoffe, die früher an den Wänden der Kirchen hingen; insbesondere ist gegenüber dem Eingang ein apotropäischer Knoten abgebildet, der dazu diente, die Kräfte des Bösen abzuwehren. Schließlich befinden sich in der Apsis Nachbildungen von Pelikanen, die in der christlichen Symbolik eine Metapher für Christus sind, der sich beim letzten Abendmahl opfert, denn um ihre Jungen zu ernähren, reißen sie sich die Haut ab und bieten ihr eigenes Blut an.