La iglesia de San Francisco Javier se construyó en 1684 a instancias de los jesuitas, según un diseño del arquitecto Angelo Italia. La construcción se terminó en 1710 y el 24 de noviembre de 1711 fue consagrada al culto por Bartolo Castelli de Palermo, obispo de Mazara del Vallo. La iglesia, otro ejemplo del barroco en Sicilia, se encuentra en el barrio de Albergheria.
El exterior presenta una gran cúpula central y cuatro cúpulas más pequeñas, así como un campanario del mismo estilo arquitectónico. La fachada está dividida en dos órdenes: en el centro está el portal del siglo XVIII, a los lados hay dos columnas retorcidas que sostienen otras tantas volutas y en la concha hay una representación de San Francisco Javier con un lirio y un corazón abierto, coronado por dos putti. Bajo el busto del santo hay un cangrejo que sostiene una cruz. Según una leyenda, Francisco Javier perdió un día su crucifijo en un río y un cangrejo se lo devolvió. En el segundo orden de la fachada, sólo se eleva la parte central con dos columnas que sostienen el tímpano.
En el interior, una inscripción de mármol dice: Dedi te in lucem gentium, "Te he establecido como luz de las naciones". La frase está tomada del Libro de Isaías, y se refiere a Jesucristo, pero en este caso también a San Francisco Javier, en recuerdo de su labor evangelizadora.
Al interior de la iglesia se accede por siete escalones, en referencia a los siete días de la creación del mundo. El edificio tiene planta de cruz griega y seis capillas más pequeñas, una de las cuales está dedicada a Santa Rosalía, patrona de Palermo, y otra a San Ignacio de Loyola. Hay 24 columnas en total, que simbolizan las 12 tribus del Antiguo Testamento y los 12 apóstoles del Nuevo Testamento. También aluden a los 24 ancianos del Apocalipsis. En el espacio central hay una gran y alta cúpula que descansa sobre cuatro pechinas que representan escenas de la vida de San Francisco Javier.
