La iglesia de San Matteo, que la familia Doria hizo construir como capilla propia, domina la pequeña plaza de San Matteo de Génova. Durante la renovación del siglo XVI, el interior de tres naves perdió casi por completo su carácter gótico original, del que sólo quedan los cuatro arcos apuntados de la base de la cúpula, sostenidos por dos pilares hacia el presbiterio y dos columnas hacia las naves. La nave está separada de las laterales por columnas. El coro, el altar con trofeos, los dos púlpitos y las urnas del presbiterio se atribuyen a Silvio Cosini y Giovanni Angelo Montorsoli. Todas las decoraciones presentes son atribuibles a la renovación del siglo XVI. En la bóveda de la nave se encuentra el Milagro del Dragón Etíope de Luca Cambiaso y la Vocación de San Mateo de Giovanni Battista Castello. En el altar, a la derecha del altar mayor, se encuentra una pintura del siglo XVI de la Sagrada Familia con Santa Ana, de Bernardo Castello; en el altar de la izquierda, Cristo entre los santos y los donantes, de Andrea Semino. En las paredes del presbiterio se encuentran los arcos de mármol de los santos Pelagio y Máximo, patrones de Novigrad (Istria), cuyas reliquias fueron supuestamente llevadas a Génova por Gaspare Spinola en 1381. Bajo el altar mayor se encuentra una espada que perteneció al "Padre de la Patria" Andrea Doria, que tradicionalmente le regaló el Papa Pablo III. En un nicho de la nave izquierda se encuentra la Deposición de Jesús en el Sepulcro, una escultura de madera policromada de Anton Maria Maragliano, mientras que las estatuas de los nichos del ábside (Piedad, inspirada en Miguel Ángel, David, Jeremías, San Juan Bautista y San Andrés) están en la nave izquierda. Juan Bautista y San Andrés) son obra de Montorsoli, quien también diseñó la cripta bajo el coro, con su bóveda de estuco dorado, a la que se accede por una escalera de mármol, que alberga la tumba de Andrea Doria, también del mismo artista.