O convento de San Domenico Maggiore, que forma um complexo de proporções grandiosas com a igreja, é o resultado de séculos de estratificação que começou em 1227 quando o Papa Gregório IX enviou um pequeno grupo de dominicanos a Nápoles que se estabeleceram no antigo mosteiro de San Michele Arcangelo em Morfisa. Tomás de Aquino permaneceu no mosteiro entre 1272 e 1274 e ensinou teologia no Studium ali estabelecido por Carlos I de Anjou. Em 1289, começaram os trabalhos de renovação do convento. A organização, que ao longo dos séculos se expandiu gradualmente para uma ínsula quase quatro vezes maior do que a rede da cidade antiga, comparada pelos visitantes ao longo do tempo com uma verdadeira cidade dentro de uma cidade, atingiu o seu auge após as obras promovidas a partir de 1669 pelo Prior Tommaso Ruffo dos Duques de Bagnara.O Prior Ruffo, que dedicou uma grande parte do seu património pessoal à obra, quis salvaguardar certas salas ligadas à história secular do complexo, como a cela de S. Tomás de Vilamoura. O resultado da obra que continuou ao longo do século XVII foi um edifício de proporções majestosas, dividido em três braços: o dormitório de S. Tomás, o noviciado e o dormitório dos Mestres, dispostos em torno de uma área aberta designada como um jardim. Adjacentes ao dormitório de S. Tomás estavam o Refeitório, a Casa do Capítulo e a Biblioteca no primeiro andar. Os arquitectos Bonaventura Presti, Francesco Antonio Picchiatti e Luigi Nauclerio revezaram-se neste monumental empreendimento. Hoje, o convento é desmembrado em várias áreas: uma parte é utilizada pelos dominicanos, uma área ao nível do claustro é ocupada pelo ginásio Virtus, outra é ocupada em três níveis pelo instituto escolar Casanova, e finalmente a parte mais importante, que albergou as salas de aula do antigo Tribunal de Assis até aos anos 90, é objecto dos actuais trabalhos de restauro.A restauração destes grandes espaços, que albergaram as células de segurança, bem como as salas de aula do Tribunal, com a consequente criação de salas mezzanine, tectos falsos e elementos de construção incongruentes, teve como objectivo reconstruir as características arquitectónicas e espaciais originais e restaurar as ligações entre as salas e as suas características tipológicas. Uma parte significativa da intervenção dizia respeito à "pele" decorativa destes espaços monumentais com o restauro dos ciclos pictóricos sobreviventes, dos estuques de finais do século XVII e da Célula de São Tomás, inteiramente decorada nos anos 1720, bem como de numerosas peças de mobiliário, incluindo a Máquina Litúrgica de Quarentena, um organismo complexo que pode constituir um dos pontos mais atractivos da futura organização museológica destes espaços. O projecto, que envolveu uma vasta área de aproximadamente 7.000 metros quadrados, incluindo 4.000 metros quadrados do antigo Tribunal de Assis, totalmente restaurado e re-funcionado, e 3.000 metros quadrados da ala do Instituto A Casanova, exclusivamente consolidado, envolveu um grande grupo de trabalho da Superintendência do Património Arquitectónico de Nápoles e da sua província, com a contribuição da experiência de consultores externos qualificados, durante um longo período de tempo, pontuado por dois lotes de trabalho sucessivos com início em 2000.O primeiro lote, iniciado em 2000 e concluído em 2002, fazia parte do programa Polis - Musea, promovido pela mesma Superintendência para a valorização dos edifícios históricos napolitanos com co-financiamento da Comunidade Europeia ao abrigo dos fundos FEDER do projecto "Global Grant Ancient Centre of Naples". O segundo lote, iniciado em Maio de 2006 e concluído em Julho de 2011, foi financiado graças à Lei n.º 400, art. 1 "Intervenções sobre o património cultural" de 20.12.2000, na sequência do Acordo-Quadro do Programa entre o Ministério do Património e Actividades Culturais e a Região da Campânia.O Convento foi reaberto ao público em Maio de 2012, graças ao empenho comum das instituições locais e centrais.